儿科建科已五十多年，为南通市临床重点专科，核定床位106张，设有两个病区、新儿生室、新生儿重症病房、儿童重症病房，同时设有儿童脑电生理室、感统训练室、儿童康复中心，年门急诊量逾8万人次，住院近5000多人次。科室现有医生24名，其中主任医师7名、副主任医师3名、硕士11名，3名医师博士在读。学科带头人此担任江苏省医学会儿科学分会委员、中国抗癫痫协会江苏分会常务理事、江苏省中西医结合学会儿科学分会副主任委员等社会职务。

科室拥有SLE高频呼吸机、HillRom早产儿培养箱、FisherPaykel辐射保温抢救台、VBFB-2000脑功能生物反馈系统，光电脑生理监护系统、脑功能三合一治疗仪、多导睡眠监测系统、无创血流动力监护系统、亚低温治疗仪等先进的医疗设备。近年来，科室完成市级课题10余项，获市级医学新技术引进奖9项，市科技进步奖4项，获得国家专利9项。

科室在该市率先成立儿童重症病房，年救治危重症病患300余例，危重病抢救成功率高达95%。常年开设儿童哮喘病、矮小症、性早熟、肥胖症、儿童心理障碍、多动症、抽动障碍、脑瘫功能训练等多项专科、专病门诊，并成立了南通市儿童癫痫治疗中心、儿童铅中毒防治中心。