妇产科是集医教研为一体的综合性临床科室，包括妇科、产科以及计划生育科，是南通市首批重点学科及科研重点专科、省级重点专科。科室有医生28人，其中在读博士2人、硕士研究生11人、在读研究生5人，高级职称13人。现有床位113张，年收治住院病人5000余例，妇科妇科年手术量达2500台次以上。科室设有普通妇科、妇科肿瘤、内窥镜、妇科内分泌、计划生育、高危妊娠和普通产科等专业。门诊设有妇科、产科、生殖内分泌、不孕不育、计划生育、高危妊娠、计划生育及宫颈疾病门诊。

微创手术为该科特色，包括血管介入、宫腔镜、腹腔镜及经阴道手术，目前约90%以上的妇科手术均为微创，术后恢复快、有效缩短了住院日。对于宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌等妇科恶性肿瘤，该科采用手术、放化疗及生物治疗等综合手段，强调个体化的治疗方法，诊治水平居该地区领先。该科在苏北地区率先开展盆底重建手术，如：经阴道植入网片的全盆底重建、阴道/子宫骶骨固定术、阴道/子宫骶棘韧带缝合固定术。

重视产科质量管理，加强高危妊娠监测及多科合作治疗，科室多年在南通市剖宫产率、围产儿死亡率均居最低水平。对产后出血、子宫瘢痕妊娠、胎盘植入等，该科在该市率先采用选择性双侧子宫动脉栓塞的介入技术，既达到止血目的又保全了子宫。

该院系南通大学妇产科硕士学位授予点及卫生部住院医师规范化培训基地，该科室现有教授1名、副教授1名、硕士生导师3名，每年为国家培养多名优秀人才。近年来获得国家级、省级及市级多项课题立项，并获省、市新技术引进奖数十项，市科技进步奖多项，每年在SCI、国家级、省级各类期刊发表数十篇。