南京市儿童医院病理科创建于1961年6月。经过几代人五十多年的努力，病理科已形成自己的特色和优势。目前拥有结构合理的病理专业人才队伍，完善的现代化设施、设备，在儿科病理方面有较高的病理诊断水平和科研能力。病理科现有职工9人，其中高级职称2人，中级职称2人，初级职称5人。科室现有中华医学会病理分会儿科病理学组委员1人，江苏省医学会病理分会细胞学组委员1人，南京医学会病理专科分会委员1人，南京医学会病理专科分会细胞学组委员1人，南京医学会病理专科分会技术学组委员1人，江苏省妇幼保健协会妇幼病理专业委员会委员1人，中国抗癌协会小儿肿瘤专业委员会病理学组委员1人，中国抗癌协会病理专业委员会儿童肿瘤学组委员1人，江苏省抗癌协会小儿肿瘤专业委员会委员1人，中国研究型医院学会超微与分子病理专业委员会妇儿疾病学组委员1人，中国医疗保健国际交流促进会病理学分会委员1人，海峡两岸精准医学协会HPV感染疾病专业委员会委员1人，福堂儿童医学发展研究中心病理专业委员会副主任委员1人，南京市病理质量控制管理委员会委员1人，南京市中青年行业技术学科带头人1人。

病理科现有石蜡切片机、冰冻切片机、全封闭组织脱水机、全自动染色封片机、全自动免疫组化染色机、细胞离心涂片机等医疗设备。病理科目前开展的工作：尸体解剖检查、活体组织病理检查、细胞病理学检查、手术中快速病理检查、特殊染色、免疫组织化学染色、原位杂交等检查。目前每年常规病理检查标本10000例，细胞病理检查标本7000例。在儿科病理，特别是先天性心脏病病理、儿童肿瘤病理及儿童发育畸形方面有较高的病理诊断水平和科研能力。

病理科在正式刊物上发表论文七十篇，参加编著的专业书籍3本，参加多个儿科病理诊疗规范的制定，为患儿的规范化诊断提供了病理诊断标准。病理科主持完成市级科研课题一项，局级课题一项，与外院或本院其它科室协作完成科研课题十余项。获得部、省、市、局级科技成果奖十项。特别是二十世纪九十年代后，在先天性心脏病病理及儿童肿瘤病理方面取得了较大的成绩。