南京医科大学附属儿童医院新生儿外科成立于1981年，是国内最早独立设置的新生儿外科临床学科之一，目前编制病床位50张，广州路院区304病区为新生儿外科无陪护病房，编制床位16张；305病区为有陪护病房，编制床位34张，全科实际开放床位60张。
学科现有主任医师（教授）3人，副主任医师3人，主治医师3人，住院医师7人。博士学位4人，硕士学位10人。博士生导师1人，硕士研究生导师3人。
技术优势与特色：新生儿外科是江苏省疑难、危重、复杂新生儿、婴儿外科疾病的诊疗中心，是江苏省重点临床专科、南京市临床重点专科、南京医科大学重点学科。常规开展年龄在6个月以内的新生儿及婴儿各种消化道发育异常、胆道梗阻性黄疸、肿瘤、肠功能障碍的各项诊疗技术，每年收治全国各地患儿20000余人次，手术15000余例。对早产、低体重儿腹部疾病、先天性巨结肠、各种类型肛门闭锁、先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、骶尾部畸胎瘤、腹膜后肿瘤、各种先天性消化道发育畸形、肠功能障碍、新生儿坏死性小肠结肠炎、短肠综合征、婴儿便秘的治疗具有丰富的经验。手术患儿最低体重700克，最小年龄25周早产，均成功治愈。对治疗各种消化道畸形、肠造瘘和断肠综合征、肠功能衰竭的治疗、肠外肠内营养、脐膨出、腹裂等巨型腹壁缺损的综合治疗效果良好。近年来在国内率先开展加速康复外科技术在新生儿、婴儿围手术期的应用，减轻了患儿创伤应激反应以及疼痛，加快了术后康复进程，缩短了住院时间。腹腔镜微创手术是科室强项，目前常规开展的腹腔镜手术包括肥厚性幽门狭窄、十二指肠梗阻（肠旋转不良、环状胰腺、十二指肠闭锁）、先天性巨结肠、先天性肛门闭锁、胆道畸形、各种腹腔内肿块、腹股沟斜疝等，其创伤小、恢复快、切口美观、疗效好。科室开设婴儿便秘和产前咨询、儿童腹股沟斜疝专病门诊。科室护理技术精湛，有专门伤口、造口护理师、PICC静脉穿刺护理师等专业护理技术人员。科室护士长为国际伤口和造口治疗师，对小儿各种类型的伤口和造口护理具有丰富的经验。
科研教学：本学科是南京医科大学硕士学位、博士学位授予点。学科近5年来主持国家自然科学基金项目7项，江苏省重点研发计划、江苏省自然基金项目及其他市厅级以上项目10项，获得江苏省、南京市各种奖励多项，2018年获得中国出生缺陷干预救助科技成果奖，2019年获中国医院协会科技创新奖。累计发表论文100余篇。获得国家发明专利和实用新型5件。学科医疗、教学、科研水平居全国前列。
