南京市儿童医院神经外科是江苏省临床重点专科和南京市临床重点专科，设有病床30张，监护病床6张，现有医师团队共7人。该专业组能全面提供小儿神经外科疾病的临床诊断和治疗，对于儿科常见的脑积水、脑室内出血、颅内肿瘤及脑瘫等病例有丰富的临床经验，治愈率95%以上。特别是对于儿童神经外科的疑难复杂病例的诊疗，如颅缝早闭、脊髓栓系、脊柱裂，儿童癫痫，复杂颅脑外伤等有独到的经验，已经形成完整有效的治疗模式，与国际水平接轨。病房年收治病人逾1500人，年手术量超过500例，年专科门诊诊治病人5000余人次，医疗水平居国内领先地位。该专业组在国内神经外科和小儿外科领域具有很高的学术地位，是全国神经外科协会指定的儿童神经外科中心，民政部指定的“明天计划”脑瘫患儿诊疗中心。
专科特色儿童神经外科常见疾病的诊断和治疗，如脑积水、脑室内出血、儿童卒中、颅内肿瘤、脑瘫、轻中度颅脑外伤等。
对于儿童疑难和重症颅脑外伤的抢救有该专业组独到的经验。
儿童颅面畸形国际规范化诊治及长期管理。在颅面畸形的诊断和治疗方面一直与国际接轨，并按照国际统一方案治疗颅面畸形，收治全国各地的患儿，取得了很好的治疗效果。
椎管内肿瘤、儿童癫痫、脊柱裂、脊髓栓系等神经外科疑难疾病的诊断和治疗。
主要医疗设备医疗设备按照国际神经外科标准配置，手术设备有蔡司手术显微镜、蛇牌双极电凝、蛇牌铣刀、迈迪康动力系统、术中神经监护及刺激仪，DORO儿童头架等。
病房设有独立的危重病人监护室和术后病人观察室，拥有全套重症病人监护及抢救治疗设备。
科研教学近年来在各类学术杂志发表论文10余篇，市卫生局科技进步奖1项，市卫生局课题1项，南医大课题1项。参与及主编儿科临床论著数余部。
