昌吉州人民医院放疗科是以治疗恶性肿瘤为主的科室，放疗科现有工作人员5人，其中副高职称1人，研究生1人，主治医师2人；从事放射治疗的医务人员均为临床医学本科以上学历且经过放射治疗专业培训学习。放疗科与新疆医科大学第一附属医院、肿瘤医院、自治区人民医院、新疆中国人民解放军总医院(301医院)均建立了友好协作关系。

昌吉州人民医院放疗科现拥有国内较为先进的放射治疗设备：医用电子直线加速器一台，模拟定位机一台，三维治疗计划系统（TPS）一套，X“刀”系统，铅摸制作系统，各种型号真空垫，全身所用的体摸等;并与医院PCS网络系统相连，制定各种肿瘤治疗计划更加快速简捷。

昌吉州人民医院放疗科现已开展了全身各种恶性肿瘤的常规放射治疗；肿瘤的术前放射治疗、术后放射治疗；特别是对食管癌、肺癌、直肠癌、乳腺癌及颅内恶性肿瘤的三维适行（精确治疗）放射治疗取得较好的疗效，也是我们的工作重点；放射性姑息治疗如骨转移性疼痛、肺癌所引起上腔静脉压迫综合症、颅内恶性肿瘤引起颅内高压水肿等；良性病变如瘢痕治疗、皮肤血管瘤、腮腺瘘等。≤食管癌的三维适行放射治疗≥获州科技局立项，≤乳腺癌放射治疗的临床应用≥获州医院新技术新项目三等奖。