昌吉州人民医院消化内科是以消化专业为主的科室。拥有全州最先进的电子胃镜、电子全结肠镜及十二指肠镜、高频电发生器及其他内镜下治疗设备等大型设备。科室技术力量雄厚,在开展常规规范化治疗的基础上，己开展奥美拉唑+生长抑素治疗上消化道大出血；幽门螺旋菌三联根治疗法；肝硬化并食道静曲张破裂出血食道静脉套扎术；组方灌肠治疗溃疡性结肠炎；胃、肠镜下息肉电切、电凝术；ERCP（逆行胰胆管造影）及十二指肠乳头切开成形术，胆总管网蓝取石术，鼻胆管外引流术等新技术填补了医院空白，达昌吉地区先进水平。科室设置床位30张，现有医护人员21人，医生9人，护士12人，其中高级职称2人，中级职称6人。

昌吉州人民医院消化内科主要以消化系统疾病为主，如上、下消化道出血；消化性溃疡；反流性食道炎；非传染性肝病（脂肪肝、药物性肝损害、自身免疫性肝病等）、肝硬化及各种并发症；各种腹泻、黄疸、胃炎、肠炎；急慢性胆囊炎、胰腺炎及腹膜炎、消化道肿瘤等消化系统疾病。