上海儿童医学中心感染学科是国家儿童医学中心六大“重中之重”建设的儿科临床中心之一。重点关注反复、重症感染的免疫学发病机制研究；其中，疑难、危重症感染、耐药菌感染、免疫缺陷感染及移植后感染诊治是本科的特色，已积累了丰富的临床经验、并探索出一套完整的诊断思路和治疗方案来开展感染性疾病的规范性治疗和精准治疗。长期的临床实践使儿童医学中心感染科具备丰富的治疗经验和特色，在多种疑难疾病的临床诊治方面取得了优异的治疗效果，深得广大病家和同行的广泛好评。

感染学科团队在儿童疑难重症感染性疾病的临床诊治、科学研究、成果转化、关键核心技术攻关突破等方面具有显著优势：学科建立了多项国内首创和国际先进的诊断和治疗技术方案、最先在国内实现感染—微生物检验——临床药剂师联合查房模式。2019年，建立全球检验龙头企业法国生物梅里埃建立联合实验室，是其全球唯一海外产学研结合实验室。

开设“预防接种评估门诊”，该门诊为儿童提供“预防接种咨询评估--疫苗接种--接种后随访”的一站式诊疗服务、由上海儿童医学中心感染科曹清主任领衔，带领来自于感染科、血液科、新生儿科、神经内科、呼吸科等多学科专家团队，为健康儿童预防接种相关问题进行专业咨询；对疫苗接种后偶发的异常反应进行评估处置；对具有基础疾病的儿童提供个体化预防接种方案，并对疫苗接种效果进行系统评估和随访等。