泌尿外科是我院的重要专业科室之一，学科组建受到全国儿童泌尿外科奠基人的关心与支持，多位专业界的顶尖人物曾先后在此工作。经过数十年的不断发展，目前科室床位规模为50张，是国家儿童医学中心泌尿外科专科联盟的主任单位。科室拥有4名主任级医师、3名主治医师，以及若干名住院医师。医师队伍中5人具备博士学位， 2人具备硕士学位。

年接诊全国病人数逾40000人次，手术量近5000例。学科专业在先天性肾脏输尿管畸形、尿道下裂，以及阴茎畸形等常见病的诊治；泌尿生殖系统肿瘤的手术治疗；严重泌尿系统畸形纠治及泌尿系统结石诊治等方面均已达到国内外先进水平。

临床治疗中遵循微创原则，积极开展腹腔镜、尿道镜、膀胱镜、输尿管软硬镜，及经皮肾镜等各类腔道手术，减轻患儿损伤与痛苦，加快康复速度。在全国范围内牵头开展输尿管球囊扩张技术，对肾积水进行非手术治疗。率先在国内研发睾丸假体并应用于临床，填补了相关领域的空白。针对儿童腰骶部（椎）与盆底功能不良的问题，探索尿动力学诊治。结合儿童排尿与排便异常，开展生物反馈等综合治疗。兼顾儿童疾病特征与生理特点，对两便异常进行骶神经调控，是国内唯一熟练运用该技术的专科医院。儿童生殖系统疾病诊疗水平居国内前列，是中国医师协会青春期男科学组和中国妇幼保健协会泌尿微创学组的主委单位。

在开展临床业务的同时承担国家和地方各级科研任务，研究经费约1000万元，获国家发明专利2项，实用新型10余项。在国内外著名期刊发表论文数百篇，居全国同行业首位。

作为国家儿童医学中心，承担全国各地医生的继续教育工作，以及医学生的规范化培训。目前科室拥有博士研究生导师2名，先后培养优秀的硕士、博士人才数十名，不断为国家医疗事业输送后备力量。