上海儿童医学中心心内科建立于1974年，是国内较早的儿科三级学科之一，1999年4月从新华医院整体搬迁至上海儿童医学中心。经过近50年的艰苦创业，心内科已发展为集医、教、研一体的国内领先的小儿心脏病诊治中心，卫生部指定国内唯一具有先天性心脏病介入治疗培训资质的儿童医院，新农合先天性心脏病定点诊治医院。同时也是国家211工程建设学科、国家教委及市教委重点学科儿科学的主要组成部分，2001年成为上海市批准的首批临床医学中心之一。
小儿心内科由心内病区、门诊、心导管室、心超室、心电图、心功能室、心血管实验室等组成。心内科病区有床位60余张，重症监护床位8张。拥有国际上最先进的心血管造影设备、MRI、高分辫率CT、超声心动图仪（包括食道及三维超声心动图仪）及心电生理记录仪等。心电生理功能测试项目齐全，包括HOLTER、平板运动试验、食道调搏试验及直立倾斜试验等。现年门急诊人数达18000余人次，住院病人数超过2000人次，年心脏超声诊断6万余例，每年心导管检查约1800例，其中近90％为介入治疗，位居国内儿童医院之首。先天性心脏病的超声心动图诊断，心导管检查及治疗不论数量、诊断符合率及介入治疗成功率均居国内领先，达国际先进水平。缓慢性心律失常的经静脉心内膜起搏器植入术及快速性心律失常的射频消融治疗等新技术的引进和开发应用，使得儿童心律失常的诊治水平不断提高。近年来积极推进儿童心肌病、肺动脉高压等罕见病的精准诊治，收治的儿童心血管罕见病的数量之多、病种之全在国内领先。
心内科现有医师21位，其中研究生学历占85.7%,包括博士10人、硕士8人及主任、副主任医师（正、副教授）11名、博士生导师4名、硕士生导师3名，已形成了系统化的学科体系、结构完整的学科梯队，在国内外儿科学界享有良好声誉。除接受研究生教学外，每年培养10～20名进修生及举办小儿先天性心脏病无创诊断及小儿心血管疾病诊治新进展两个国家级继续医学教育学习班，极大地促进了国内小儿心血管疾病诊治能力的提高。
近年来心内科共承担20余项科研项目，经费600余万，包括国家自然基金6项、国家科技部十五攻关1项、973子项目1项、863计划2项、市科委重大项目2项等。有17项已完成，通过验收或鉴定，其中先心病超声诊断的方法学研究、三维超声心动图的实验与临床研究、先心病介入治疗的实验与临床研究、肺高压的发病机制及临床肺动脉高压的无创与有创性评估研究等成果达国内领先、部分国际先进水平。先后获国家、省市级科技进步二、三等奖、中华医学奖三等奖、及宋庆龄儿科医学奖等。
在临床与科研进步的同时，科室也十分注重加强国内外学术交流，与世界最著名的先心病诊治中心如美国哈佛大学附属波士顿儿童医院、哥伦布儿童医院、辛辛那提儿童医院、加拿大多伦多儿童医院、英国伦敦儿童医院有常年的联系和交流。
科室的特色技术1.小儿先天性心脏病的介入治疗（包括内外科镶嵌治疗）
4.先天性心脏病的超声诊断（包括三维心超、食道超声及胎儿超声）
