上海儿童医学中心药剂科是集儿童药学服务、教学和科研人才培养为一体的儿童专科药学学科，国家卫健委、中国医院协会临床药师培训基地，中国医药教育协会合理用药示范基地。同时承担了交大医学院、上海健康医学院本科生的教学工作，上海健康医学院等院校药学专业专科、本科生实习带教。近年来，课题、论文、专利数量均保持增长。

科室设有门诊药房、血液药房、急诊药房、发热药房、手术药房、住院药房、中药颗粒剂药房、药库、PIVAS、OVAS、临床药学等部门。现有员工70名，中共党员18名，中级以上职称37名。

面对儿童专用剂型的缺乏，住院药房在1998年建院伊始就实行住院患者口服药的单剂量排药方式，保障患者用药剂量的准确。先后建立PIVAS、OVAS，实现全院门、急诊、住院患者24小时静脉用药集中配置，保障了输液的质量，加强了员工防护，有效抑制了院内耐药菌的产生，护佑医疗安全。

临床药学现有10名专职临床药师，加入临床治疗团队，协助医生合理用药，通过药酶测定、TDM、药物基因测定等手段，协助临床建立个体化给药方案，提升临床疗效、降低药物不良反应，保障临床用药的安全、有效、经济、适宜。

科室建立了《我“药”健康》的科普宣传的品牌项目，通过现场宣讲、微信公众号、视频等方式，宣传合理用药知识，关注儿童用药安全。