嘉兴市中医医院肛肠科在继承嘉兴“郭氏痔科”基础上，经过不断发展，已成为该地区中医特色显著、诊治规范、病种齐全的中医肛肠专科，是国家中医药管理局“十二五”重点建设专科。2017年底接轨上海中医药大学附属曙光医院肛肠科，成立了首个沪嘉肛肠联合诊疗中心。目前拥有床位20张，年门诊量15000人次以上，年手术量超过1200人次。
拥有专科医生8名，其中名老中医1名，高级职称3名，中级职称2名，生物反馈治疗师1名，研究生3名。现已形成三大研究方向，分别为：环状混合痔及复杂性肛瘘等肛肠良性疾病、慢性便秘等盆底疾病及结直肠肿瘤的基础与临床研究。
科室以混合痔、肛瘘、肛周脓肿、肛裂为特色优势病种。开展混合痔的PPH、RPH、TST、分段外剥内扎加注射等微创技术，将无痛治疗贯穿整个周期，提高患者舒适感。并开展日间手术，“痔疮手术，当日出院”，极大便利了忙碌的上班族。对于复杂性肛瘘，通过切开挂线、拖线等手段，及LIFT、瘘管潜剥术等微创化术式，中西医结合，提高肛瘘的治愈率。此外运用中药口服、针灸、情志调治疗法并结合生物反馈、“盆底肌肉操”训练等治疗功能性便秘，以恢复患者正常排便功能。此外，中西医结合抗肿瘤治疗，让更多肠癌患者绝处逢生。并研制众多的特色中药制剂，内服药物有郭氏便秘方、便血合剂、痔瘘合剂、肛痈方等；外用药物有郭氏肛肠熏洗方、紫白膏、生肌玉红膏等，深受病人的好评和信赖。
该科也不断引进现代先进的医疗设备，先后添置TRM-Ⅱ肛肠腔内治疗仪，加拿大MyoTrac_Pro生物反馈治疗仪，荷兰SolarGI肛管直肠测压仪，盆底肌电评估仪，KY-3肛肠药物熏洗仪等肛肠专科设备，通过传统医学和现代医学的良好结合，使得大量肛肠疑难病得到较好的治疗。
该科与沪杭等知名肛肠专科紧密联系，技术不断创新，开展省卫健委、省中医药管理局、嘉兴市科技局等科研项目十余项，在国家级、省级杂志发表论文40余篇，每年开展国家级或省级学术交流活动。
作为首个沪嘉肛肠联合诊疗中心，将始终以患者为中心，开设了嘉兴首个女性门诊，以中医特色加技术优势，为广大患者提供完善而优质的诊疗服务。
