药学部以病人为中心，负责为全院提供全方位的药学服务，设有住院药房、门诊药房、中药房、药品供应室、普通制剂室、药品检验室、临床药学室、PIVAS、GCP办公室。现有药学技术人员171人，其中博士3名、硕士11名、本科生101名。高级职称7人，中级职称18人。作为重庆市医药高等专科学校和重庆医科大学药学系的实习基地，先后指导药学本科、大专、中专实习生共72名。

药学部积极开展临床药学工作，以合理用药为核心，参与患者治疗方案的制定、调整，为患者提供药学技术服务。现开展12种药物血浓度检测，为临床控制用药风险、提高药物疗效提供科学依据。定期出版《医院药讯》及更新《药物手册》、《药品目录》等，为临床提供广泛的药学信息。同时开展处方点评、抗菌药使用监测、药品不良事件监测与上报等工作，每年上报药物不良反应350余例，2016、2017年连续被评为“渝中区药品不良反应监测工作优秀单位”。积极开展合理用药咨询与宣传工作，定期对医务人员进行合理用药培训。门诊药房设置专门用药咨询窗口，可利用面谈、电话等开展患者用药咨询服务。药师设计并制作科普宣传册及视频，并利用微信、门诊大屏幕、咨询电话等途径进行儿童合理用药宣传。同时，建立健全药学部质量监控组织、制度及全院药品质控网络，定期检查临床药品使用情况。组织召开质控会议，总结和提升质控工作水平，提高药学技术服务质量。