肾病免疫科下设肾脏、免疫两专业，是重庆市医学重点学科，中华医学会儿科分会免疫学组组长、肾脏学组成员单位。科室集医疗、教学、科研为一体，是西南地区最大的儿童肾脏病诊治中心、血液净化中心和全国领先的免疫缺陷病诊治中心。现有教授4人，副教授3人，主治医师2人。床位53张，收治住院病人约3000人/年。开设免疫缺陷病、风湿性疾病、肾脏疾病专科专家门诊，年门诊量约15000人次。
　　该科拥有近二十年免疫缺陷病诊治临床经验和完善的免疫缺陷病筛查、分子遗传学诊断平台。可进行超过60种原发性免疫缺陷病基因分析、蛋白质诊断，约覆盖90%原发性免疫缺陷病患儿，为早期治疗、挽救患儿生命奠定了坚实基础。湿疹、血小板减少伴免疫缺陷综合征(WAS)、重症联合免疫缺陷(SCID)、遗传性噬血综合征、无丙种球蛋白血症、普通变异型免疫缺陷病、慢性肉芽肿病等疾病的诊治水平尤其突出。近五年来该科与血液科合作已成功完成近20例免疫缺陷病患儿造血干细胞移植术，挽救了大部分患儿生命。于2006年牵头建立的“中国原发性免疫缺陷病关爱中心”网站是面向全国病员及医师的交流、咨询平台，旨在呼吁全社会对免疫缺陷病患儿的关注。
　　肾穿刺病理检查精确诊断孩子的肾脏病情
　　该科率先在西南地区儿童中开展安全、有效的肾穿刺活检术，已有近20年历史。采用B超精确定位，基础麻醉以达到无痛。目前每年完成肾活检200多例，成功率达98%以上，肾穿刺儿童的最小年龄仅为1岁，为儿童肾小球疾病的准确诊断、精心有效的治疗及判断预后提供了有效的保障。
　　急慢性肾脏疾病的综合治疗
　　肾病，夜遗尿症，各种尿路感染，急慢性肾炎肾病，急慢性肾功能衰竭，继发性肾脏疾病，严重影响着儿童的生长发育和生活质量，该科在长期临床工作中，积累了一系列综合治疗的经验，诊断和治疗达到国内先进水平，各种急慢性肾脏疾病的治愈率显著提高。经过饮食指导及闹钟训练，增强了夜遗尿儿童的自信心。极大程度地改善了这些患儿的生活质量。
　　风湿性疾病的特色治疗
　　随着感染性疾病发病率的下降，系统性红斑狼疮、幼年特发性关节炎、过敏性紫癜等风湿性疾病的发病有逐年升高的趋势，该类疾病呈慢性经过，是人们眼中的“第二癌症”。该科最早在西南地区开设了儿童风湿性疾病的专科门诊，并配备完整的疾病检测手段和设备，对这类疾病的诊治积累了丰富的经验。近年来对难治病例采用了多种生物制剂治疗，取得显著疗效，重新树立了患儿及家长战胜疾病的信心，降低了该类疾病的致残率，明显改善了远期疗效。
　　血液净化技术
　　血液净化技术是通过建立体外血液循环，将患者的血液引出体外，并通过不同净化装置，去除血液中的致病物质和代谢废物，使血液得以净化和达到治疗疾病的目的。该科1997年即对小儿急性肾功能衰竭实施血液透析，并成为国内最早建立儿童血液净化室的单位之一。现能开展CRRT、血液灌流、免疫吸附、血浆置换等多种血液净化模式，救治了各种原因所致的急性肾功能衰竭、急性生物毒素和药物中毒、严重脓毒症、多器官功能障碍综合征、系统性红斑狼疮等儿童，提高了危重病人(尤其是3岁以内儿童)的救治水平及存活率。综合体外循环技术处理、抗凝等关键技术过硬，成功为体重仅2.3公斤早产儿多次实施血液净化。目前我院血液净化室已成为国内临床应用规模最大、技术领先的儿童血液净化中心之一。