重庆医科大学附属儿童医院肾脏免疫病房成立于1979年，2016年3月成立独立的风湿免疫病房。科室集临床医疗、教学、科研为一体，是中华医学会儿科分会免疫学组组长单位。2005年临床免疫学科成为首批重庆市医学重点学科，现为全国原发性免疫缺陷病（PID）和西南地区小儿风湿病诊治中心。病例来源覆盖全国30余个省市自治区。在原发性免疫缺陷病（PID）分子诊断和机制研究、造血干细胞移植、感染免疫机制研究等领域处于国内领先地位，已具有一定国际知名度。2007年开始与血液科合作开展造血干细胞移植根治PID技术，现已完成40余例，移植成功率达75%左右，接近国际先进水平。在川崎病（KD）、过敏性紫癜（HSP）、幼年特发性关节炎（JIA）、儿童系统性红斑狼疮（SLE）、皮肌炎（JDM）等风湿性疾病领域有较好的临床和科研基础。
现有医生13人，博士生导师3人，硕士生导师5人。其中教授3人，副教授2人，主治医师5人；护士21人，其中主管护师3人。病房开设床位55张。开设免疫缺陷病、风湿性疾病专科专家门诊，年门诊量约15000人次。
科室拥有近二十年免疫缺陷病诊治临床经验，借助完善的免疫缺陷病筛查及分子遗传学诊断平台，可进行超过60种原发性免疫缺陷病（PID）的基因分析、蛋白质诊断，涵盖约90%的PID范畴，为早期诊断、及时治疗，挽救患儿生命，提高患儿生存质量奠定了坚实基础。湿疹、血小板减少伴免疫缺陷综合征（WAS）、重症联合免疫缺陷病（SCID）、先天性无丙种球蛋白血症(XLA)、普通变异型免疫缺陷病（CVID）、慢性肉芽肿病(CGD)、家族性噬血综合征（FLH）等疾病的诊治水平处于国内领先地位。近五年来科室与血液科合作已成功完成40余例PID患儿的造血干细胞移植术，挽救了大部分患儿生命。科室已与英国伦敦大学学院（UCL）、美国辛辛那提儿童医学中心（CCHMC）等建立了人员交流互访、远程会诊等长期合作机制。科室于2006年牵头创办的“中国原发性免疫缺陷病关爱中心”网站为全国PID病员提供了与医师交流、咨询的平台，获得很高的社会关注。现有国家级、省部级等课题数十项，2014年获得国家卫计委行业专项基金一项，总计研究经费超过千万。
风湿性疾病的特色治疗儿科风湿免疫性疾病大多呈慢性经过，对患者的长期生存质量造成极大影响。系统性红斑狼疮（SLE）、幼年特发性关节炎（JIA）、过敏性紫癜（HSP）、川崎病（KD）等风湿性疾病的发病有逐年升高的趋势。科室于2004年最早在西南地区开设了儿童风湿性疾病的专科门诊，具备较为完整的风湿免疫性疾病检测手段和设备，对疾病的诊治积累了丰富的临床经验。是国内最早开展生物制剂治疗难治性风湿性疾病患者的单位之一，采用多种生物制剂治疗已有10余年临床经验，多数患者取得显著疗效，重新树立了患儿及家长战胜疾病的信心。科室同时开展了关节腔内注射治疗少关节型JIA，关节功能锻炼，中药透皮治疗、电磁理疗，激光，TDP烤灯等多种方式治疗儿童关节炎取得较好疗效，降低了该类疾病的致残率，明显改善了患者的远期预后。
