科室的历史可追溯到1956年9月，当时黑龙江省祖国医药研究所尚未正式建立，还处于筹备阶段。中医外科人员即与黑龙江省医院中医外科进行协作，省医院负责提供20张病床和护理人员，省中医研究院中医外科人员负责科研医疗工作。当时开展的科研课题是“结核散治疗骨与关节结核”，科主任为杨志成、董荣西，医生有滕义和、杨发奎等。该成果曾被中央新闻纪录电影制片厂拍摄成题为“患者的福音”记录片，以1957年10月号新闻简报的形式在全国放映。
1957年2月，黑龙江省祖国医药研究所正式成立后，建立中医外科研究室，继续进行中药治疗骨结核的临床研究。1957年10月，与肇东结核医院协作，由他们提供60张床位和全部护理人员，黑龙江省祖国医药研究所中医外科研究室负责科研、医疗、制药和化验。当时工作人员有：主任杨志成，住院医生滕捷、滕义和、杨发奎、赵国栋，中药士隋惠民、赵维，检验士周友人等。经过2年工作，取得了中药治疗骨结核32例全愈，26例的好转的成绩，撰写的论文发表在1958年11期《中医杂志》上。
1959年2月，在3楼东侧成立了有32张病床的病房，门诊设在1楼，手术室3间，供应室归骨外科管理。1962—1966年为骨外科最好的时期，全科医护等工作人员多达38人，病床36张。1966年“文革”开始后，门诊停止，病房撤消，这时，由矫永川暂时负责骨外科工作。
1971年恢复建立外科门诊，并将外科分为两个组：肿瘤组有矫永川、李兴源、刘殿生、张英超等，为开展青龙衣治疗胃癌的研究与省医院普外科进行协作；骨科组有滕义和、于泗海、李永智、吴静萍、高雅琴等，开展中药治疗骨质增生的研究。经过7年的临床观察，取得了显著成绩，滕义和、于泗海、李永智撰写的“骨金丹治疗骨质增生213例临床观察”一文，发表在1982年10期《中医杂志》上。
1985年恢复建立了中医外科研究室，共4人，副主任为滕义和，中医师有吴静萍、庞振，护士为高雅琴。
1996年12月，黑龙江省中医研究院普外科恢复成立，吕文立任主任一直工作到现在，同时成立了手术室。
1996年12月18日，正式实施了首例手术，并且获得了成功。
1997年，普外科与中医外科完全分开，正式设病房，亦称外二科，有床位8张（2个房间），有医生4人，护士9人，并开设了普外科专科门诊。同年，手术室开展了普通外科手术，5月实施了第一例胃癌根治术，此后甲状腺、乳腺、胃肠、胆囊、疝气、大隐静脉等普外科常见疾病的手术治疗陆续开展，当年的门诊量达到4000余人次，收入达20万元。。
2001年4月，进一步开展了泌尿外科的手术，先后进行了肾癌、输尿管结石、膀胱癌、前列腺癌、后尿道狭窄等疾病的手术治疗，取得了很好的疗效。
2002年12月，搬入新住院处大楼后，普外科与中医外科、男性科、骨一科、骨二科、肛肠科组成综合外科病区，普外科床位数增加到10张，有医生5人。
2016年吕文立主任退休，王伟志接任普外科负责人，主持科室工作。
（二）业务开展普外科以开展中西医结合外科临床工作为主，配合院内各科会诊和科研、教学是普外科目前的基本任务。经过长期的积累和实践，临床治疗手段上主要采用中西医结合方法治疗乳腺疾病、甲状腺疾病、腹部手术后并发症、结肠疾病等已形成了特色。另外，在中西医结合治疗周围血管疾病和便秘的研究方面也已取得了大量经验和优异疗效。
以中医调节冲任、软坚散结为主要功效，主治乳腺增生病的“海珠消癖丸”水丸制剂1999年获得批号，临床应用中取得良好的疗效。同时引进了近红外乳腺诊断仪，提高了对乳腺疾病的诊治水平。该项目获得了2004年黑龙江省中医药科技进步二等奖。
中药对肠动力研究项目一直是该科室研究的重点内容，除结肠癌手术外，该科室通过临床实践发现中医药对治疗结肠结构异常和动力异常所造成的便秘有特色和优势。目前，结肠运输试验已在放射线科配合下开展起来，中药治疗结肠慢运输型便秘项目也已通过省中医局科研立项。
（三）科研情况1998年由吕文立主持的“海芪胶囊治疗恶性肿瘤临床与实验研究”获哈尔滨市科技进步三等奖。
2004年，由吕文立主持的“海珠消癖丸治疗乳腺增生病的实验研究”获黑龙江省中医药科学技术二等奖。普外科已撰写专业论文10余篇，出版专著2部，协助完成整理的《冉雪峰医案全集》获得了出版界的好评。
2014年至2016年先后获得黑龙江省科学技术三等奖一项，黑龙江中医药管理局科学技术一等奖一项、二等奖一项。2020年王伟志主持的《加味柴胡清肝汤治疗肝经蕴热型非哺乳期乳腺炎的临床疗效观察》获黑龙江省中医药管理局科研立项。
