黑龙江省中医研究院的前身是成立于1957年的“黑龙江省祖国医药研究所”（俗称“祖研”），是全国成立最早的省级中医药科研医疗机构之一。随着规模的发展和功能的不断健全，1985年更名为“黑龙江省中医研究院”。为了充分发挥医院的中医医疗优势，1995年经黑龙江省编委批准加挂了“黑龙江省中医医院”的牌匾，同年被评为三级甲等中医医院；现已发展成为集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药科研医疗机构。先后被确定为黑龙江省和哈尔滨市城镇职工医疗保险和哈尔滨铁路医保定点医院。先后两次荣获卫生部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局联合授予的“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号。2008年被国家中医药管理局确定为重点中医院建设项目单位。2009年被国家科技部确定为中药研发技术创新服务平台建设单位。2010年在国家中医药管理局中医医院管理年活动检查评估中取得黑龙江省第一名、全国第五名的好成绩。2010年被黑龙江省委、省政府评为推进八大经济区和十大工程建设先进单位。

医院占地面积20000平方米，建筑面积50000平方米。医院现有人员1192人，其中在编职工526人，聘用人员666人,在岗专业技术人员980人,在编人员中具有正、副高级职称专家222人，其中享受省政府和国务院特殊津贴专家22人，国家级名中医和省级名中医20人。医院现有国家临床重点专科2个，国家中医重点专科(专病)4个，国家中医药重点学科4个，国家中医重点研究室1个，国家三级实验室5个，省政府重点学科7个，省级重点实验室1个，省卫生厅重点学科7个。同时医院下设中药、中医临床和针灸经络研究所3个，国家中药剂型改革基地设在医院。

医院医疗部分编制床位1006张,设内、外、妇、儿、骨、针灸、推拿、口腔、眼科等医疗一级科室19个，医疗二级分科 16个，专科专病诊室30个，设CT、核磁、DR、彩超、钼靶、检验等医技科室23个，其中肾病科、心血管科、针灸科、皮肤科为国家中医重点专科；肾病科、中药剂型、针灸科、皮肤科为国家中医药重点学科；内分泌科、脾胃病科、肺病科为省政府重点学科。其中肾病科在全国所有中医重点专科中规模最大，拥有固定床位350张，肾病免疫实验室为国家三级实验室；针灸科设床位235张，并配有功能齐全的现代化康复中心。

在研究生教育方面，医院拥有一级学科中医学、中西医结合、中药学的硕士学位授予权，硕士研究生导师55名，博士研究生导师6名，现在院研究生130名。1999年医院被人事部批准为博士后科研工作站，现已有9名博士后出站，有4名博士后在站工作。

建院以来，医院共取得科研成果343项，其中获得部省级以上科技奖励110项，目前医院已承担部省级以上课题131项，其中国家级10项，部省级62项。共研制出中药新产品43个投放市场，其中包括“刺五加”、“满山红”、“注射用双黄连粉针剂”等具有里程碑意义的名牌产品，据不完全统计，2009年医院转让黑龙江省企业的中药产品年创产值近10亿元，约占黑龙省中药产值的1/4，其中“双黄连粉针剂”自投产以来已创产值达35亿元以上，为黑龙江省医药工业和中药产业化发展提供了强有力的科技支撑。