昆明市儿童医院小儿心胸外科以收治小儿心胸疾病为主，科室拥有一支由高中初级职称人员组成、结构合理的专业技术队伍，拥有昆明市学科带头人1人，现有编制床位20张，病房及重症监护病房设施配套完善、先进。

小儿心胸疾病的手术治疗是其特色，科室积极引进新技术，从1995年开始独立开展小儿先天性心脏病的手术治疗以来，业务技术水平不断提高，收治病人涵盖云南省各地州及周边省份，在小儿先心病的治疗方面有较高的知名度，在省内率先开展小年龄、低体重、复杂先心病的手术治疗，并处于省内领先水平，手术病种包括房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、法乐氏三联症、四联症、右室双出口、肺动脉狭窄、心内膜垫缺损、三房心、三尖瓣下移，以及合并肺动脉高压等多种复杂危重的先心病。科室成功手术治愈了出生仅为3个月、体重4公斤的法乐氏四联症合并动脉导管未闭及房间隔缺损的危重先心病患儿。

在小儿普胸病的治疗方面处于省内领先水平，开展了食道狭窄、漏斗胸、脓胸、肺囊肿、肺脓肿、膈疝、食道裂孔疝、膈膨升、胸腔肿瘤等普胸疾病的手术治疗，手术患儿年龄最小者仅为出生后1周。科室在省内率先开展的先天性漏斗胸的微创手术治疗取得了较好的效果。科室在省内率先开展了儿童腹腔镜手术，填补了我省在该领域的空白，达到省内领先水平。

科室主持的科研项目“婴幼儿腹腔镜的临床应用研究”获昆明市年度科技进步三等奖。全科医护人员已在国家级及省级医学杂志发表论文70多篇。2001年，科室被确定为昆明市第二周期医学重点学科，2006年以优秀的成绩通过了由市卫生局组织的评审验收。