昆明市儿童医院新生儿科是以收治新生儿病患为主的科室。是云南省成立最早、规模最大的新生儿专科，经过20多年的建设与发展，现已成为西南地区开放病床数量及年收治病人最多的新生儿专科。

科室现有编制病床80张，每年平均收治病人5000余人次。在新生儿疾病及新生儿急救、危重、疑难、早产儿的管理等方面的业务水平一直处于全省领先地位。是昆明市医学重点学术专科、云南省新生儿急救研究中心，在西南地区享有很高的信誉和较高的知名度。科室专业技术人员中有昆明市学科技术带头人、昆明市卫生局学术技术带头人后备人选及医院学术技术带头人及后备人选，有多位长期从事新生儿疾病诊疗的专业人员及先进的医疗急救设备。病房设有新生儿重症监护病区、早产儿病区、普通疾病区、呼吸道病区、光疗病区及特殊疾病区，整个科室实行无陪制管理。

科室有多项科研成果获云南省卫生厅、昆明市科技进步奖；多次成功举办继续医学教育学习班。目前医院新生儿科是我省最大的集临床、科研、教学为一体的新生儿专科。