昆明市儿童医院小儿神经内科对小儿各型癫痫、各种瘫痪、肌肉系统疾病、注意缺陷多动障碍、抽动障碍等疾病诊治水平在全省处于领先地位。对其他儿童精神行为疾病、先天性遗传代谢疾病等少见、疑难疾病也有较高的诊治水平。

目前运用动态脑电监护仪，开展儿童24小时动态及视频脑电图检测及报告分析，对儿童癫痫分型及非癫痫型发作性疾病的鉴别诊断提供了有力的依据，通过开展诱发电位、肌肉活捡、肠道病毒分离等检测，使科室在诊治小儿急性迟缓性麻痹、先天性遗传性神经肌肉疾病的诊断水平处于全省领先。科室还与省内相关机构合作，开展遗传代谢病的尿液及其他分子生物学检测，提高了先天性代谢疾病等少见及疑难病的诊断水平。