1835年11月4日,成立的广州博济医院(中山大学附属第二医院前身)是我国第一间西医院，为美国Dr.PeterParker开设的眼科医院。1913年始设立眼耳鼻喉科，先后由Dr.H.G.Howard(1913年）、Dr.H.W.Boyd（1916年）、C.A.Howard(1922-1923年）任主管。1930年1月博济医院移交岭南大学校董会接管，改名为岭南大学博济医院。之后眼耳鼻喉科由R.L.Lancaster(1930-1931年)、李腾彪(1931-1932年及1937-1938年)任主管。1946年抗日战争后博济医院重新设立眼耳鼻喉科，由宓锡裕任主任。1947年开始，耳鼻喉科独立分科，梁炳诉教授任耳鼻喉科主任，宓锡裕调任省人民医院任耳鼻喉科主任，谭新民、李泉任住院医师。岭南大学医学院先后聘凌炽桓（1948年）、朱志和（1949-1953年）为耳鼻喉科教授。1953年设立耳鼻喉科病区，有专科病床33张。1954年成立耳鼻喉科学教研组，为广东省专科教学组织建制之始。由朱志和任主任，有谭新民、陈秉谦、高生平、汪谦信、王琼芳、姚智才、余国治、余达德、闵华庆等任专科医师。

中山二院耳鼻喉科是广东省最早成立的耳鼻喉科，为广东省耳鼻喉科的发展作出了巨大贡献，培养了大批优秀的耳鼻喉科人才。先后有闵华庆调入中山大学肿瘤医院参与组建头颈科并任主任，余达德调入中山一院并任主任，谭新民调入中山三院任主任。70年代以后，先后由麦嘉秉、高生平、姚智才、冯家驹、陈洁珠等任主任。经过多年的发展现已颇具规模，在医、教、研各方面都处于国内先进水平，现有专科病床60张，2007年被评为国家级重点学科。

1947年设病床10余张，到1978年有专科病床33张，医生13人。先后按鼻专科、喉专科、耳专科和头颈外科进行发展，陆续配购了脑干电位测听、眼震电图、多功能电测听、真耳分析仪、眼震电图仪、旋转椅、动态平衡检查仪、头脉冲试验检查仪、电子鼻咽喉纤维镜、喉动态镜、鼻阻力仪、CO2与YAP激光等先进设备以及国内领先的听觉事件相关电位，开展了一系列高、新、难手术，形成了以耳专科及耳鼻咽喉-头颈肿瘤为主的研究方向，为广东省耳鼻咽喉—头颈外科的发展作出了巨大的贡献。现建有耳功能检查室、眩晕疾病检查室、激光手术室、鼻变态反应与鼻通气功能检查室、颈部内镜手术研究室、睡眠监测室、嗓音检查室、内窥镜室、遗传与分子实验室等一系列专科检查及治疗室。

目前有专科病床60张，医生22人，其中正高6人，副高5人，主治6人，医师5人，技师3人，其中博士导师3人，硕士导师6人。每年接诊病人近10万人次，住院2500人次/年，业务收入2800多万/年。是省内诊治疑难疾病最多的耳鼻咽喉科中心之一。

近30年来，开展了大量耳鼻咽喉—头颈外科新技术，其中达省内或国内领先水平的有耳专科：眩晕疾病的诊断和治疗，平衡康复治疗，电子耳蜗植入术，小耳畸形耳廓及外耳道成形手术，义耳钛支架植入手术，颅面联合进路、经颞骨进路前、中颅窝肿瘤切除术，耳神经外科及侧颅底外科，面神经减压手术，中耳炎的手术和听力重建，耳内窥镜手术；头颈专科：腔内支架技术治疗喉、气管和食道狭窄，游离皮瓣修复头颈肿瘤切除术后缺损，颈部甲状腺微创外科手术与颈内镜外科，头颈肿瘤（喉癌、鼻、鼻窦肿瘤、喉咽和颈段食管癌）根治性手术和多种方法修复、重建上消化道和上呼吸道，数字减影血管造影在耳鼻喉科中的应用；鼻专科：鼻腔泪囊吻合术，经蝶窦垂体瘤切除术，鼻内镜下鼻咽纤维血管瘤等良性肿瘤的治疗，阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合症诊断和治疗；嗓音专科：音声疾病的诊断和治疗。