中山二院胃肠胰外科在临床医疗、教学、科研等方面具有雄厚的技术实力。目前南、北院现共有开放床位50张，博士导师2人，正教授2人，副教授2人，主治医师6人。承担国家自然科学基金2项，教育部、卫生部、广东省自然科学基金及卫生厅的多项科研基金。

近年来，科室紧跟国内外先进医疗技术的步伐，注重专科化发展。临床治疗主要针对胃肠道外科疾病、胃肠及腹腔肿瘤、腹壁各类疝、痔、肛瘘、腹部腹腔镜手术等，每年开展胃肠道肿瘤根治手术数百例，居省内前列。在腹腔镜胃癌及结肠癌手术、低位直肠保肛手术、重症胰腺炎的治疗等方面为省内先进水平。痔的吻合器切除达国内先进水平。

2009年，科室引进美国宾夕法尼亚大学医学院高级研究员杨一增教授，并开展了国际领先的肿瘤免疫治疗和肿瘤干细胞方面的研究，研究论文在国际著名杂志gene&development（IF12.6）发表。

在治疗肠外瘘、严重腹腔感染等复杂疑难患者营养支持、外科治疗及危重病人都积累了丰富的经验与卓越效果。1997年科室国内率先开展了无张力疝修补技术治疗腹外疝的工作，2001年成立华南疝外科治疗培训中心，是全国疝与腹壁外科学组副组长单位，广东省主委单位，运用最新的无张力修补技术治疗各种腹股沟疝和腹壁疝处于全国领先水平。