医院感染性疾病科是防城港市感染性疾病定点治疗单位唯一指定科室，担负着全市艾滋病、结核病、病毒性肝炎等感染性疾病的治疗，拥有雄厚技术力量的医疗队伍，感染性疾病科有符合国家标准的规范化专科门诊及专科住院楼，分4个住院病区，为病人提供安全、舒适的就医环境及优质的医疗护理服务。
科室配套有进口菲利普无创呼吸机、奥林巴斯纤维支气管镜、一拖四中央生命监护机及心电图机、除颤仪、肺功能仪、中央吸氧及中心负压吸引装置、推注泵、机械排痰仪、冬眠治疗仪等多种先进抢救设备以及与机器相配套的一系列抢救物品。该科对重症肺结核、各型呼吸衰竭、大咯血、重症病毒性肝炎以及艾滋病合并的各种机会性感染的救治有丰富的经验，并取得很好的效果，深受病友的好评和信赖。同时，该科也是国家艾滋病免费抗病毒治疗及结核病免费抗结核治疗点，对于艾滋病病人及结核病人接受国家免费治疗的管理积累了丰富的经验，也取得很大的成效。
