北京市回民医院始建于1947年，其前身是中国回教协会北京分会创办的“普慈施门诊部”。1949年更名为北京市回民医院，是一家具有民族特色的公立医院。医院历史上经过四次较大规模的改扩建,逐步发展为科室齐全的中西医结合（民族）医院。
在1996年被评为二级甲等综合医院。2004年、2010年被授予北京市和国家级综合医院中医药工作示范单位；2007年成立北京市中西医结合脑病诊疗中心；2008年经市民委和市中医管理局批复建立北京市回族医药研发基地和市级民族医药学科建设试点。2010年西城区域卫生规划，确定医院为以回医药为特色的民族医院。2013年向北京市中医管理局提出申请转型为中西医结合（民族）医院，同年得到了批准。2014年与中央民族大学中国少数民族传统医学研究院建立科研教学基地。2015年初，通过国家中医药管理局三级中西医结合（民族）医院等级评审，成为全国一家三级甲等中西医结合（民族）医院。2015年8月，成为了宁夏医科大学教学医院。医院目前有三个市级重点专科，分别为民族医学科、神经内科（脑病科）、康复科。一个区级重点专科：呼吸科。
目前医院拥有南、北两个院区,位于全国闻名的回族聚居区-牛街。建筑总面积2.96万平方米，编制床位400张。                    
医院设置了职能、临床、医技科室，其中临床科室22个，医技科室11个，职能科室16个。增设儿科门诊、重症医学科及磁共振成像诊疗专业。
医院现有医疗设备2387台，总价值15963.86万元。中医诊疗设备13大类20小类37种,总计136台。2023年新增安宁疗护设备、康复设备、眼科检测设备、治未病中心中医设备及重症监护室治疗设备等109件新设备，总价值6730620.25元。
医院始终坚持为辖区居民及各民族群众提供优质医疗卫生服务,承担了各民族重大活动的医疗保障服务、少数民族国家和民间学术组织的外事接待任务，为北京市民族和谐稳定发挥特殊的重要作用。曾多次获得民族团结先进单位等荣誉称号。
医院作为临床、教学、科研为一体的三级甲等中西医结合（民族）医院，始终秉承“以学科建设为关键，以人才建设为支撑、以文化传承为动力、以创新管理为保障”的办院理念，今后将更好的为各族人民提供优质的医疗服务。