肺病科是该院重点发展的科室之一，科室成立于1997年，国家临床重点专科，国家中医药管理局重点学科，国家中医药管理局重点专科，江西省肺系病中医医疗中心。目前拥有床位83张，病房有肺功能仪、心电图机、心电监护仪、除颤仪、无创呼吸机、有创呼吸机、电子支气管镜和吸引器等专科仪器设备有门诊诊室2间、治疗室1间、肺功能室1间、每周门诊7天、由主任医师、副主任医师和主治医师应诊。

建设期间，学科人才结构得到改善，队伍水平提高较快，博士增加3人，现有博士研究生6人，硕士研究生6人；职称结构1人由中级提升副高，4人由副高提升正高，现有正高级职称7人，副高级4人，中级3人；国家优秀中医临床人才研修项目1人；中医大师传承人才培养项目1人；全国第四批师承继承人2名已获博士学位。

科室坚持以中医疗法为主，西医疗法为辅，以局部与整体结合、内治与外治结合、宏观与微观结合等诊疗方法治疗慢性支气管炎,肺气肿,肺心病，支气管哮喘，慢性咳嗽，肺间质纤维化，重症肺炎,支气管扩张症，呼吸衰竭，胸腔积液,肺癌等呼吸系统疾病。建科以来围绕中医优势病种的研究，研制了系列院内制剂如咳喘固本颗粒、复方款冬花止咳糖浆、健脾益气颗粒、哮喘外敷散、哮喘1号/2号方等，并对哮病（支气管哮喘）、咳嗽（慢性咳嗽）、肺胀（慢性肺源性心脏病）及肺痿（肺间质病）等优势病种有深入的理论研究，逐步形成了规范化的诊疗方案，广泛应用于临床10余年。