病理科创建于1964年，是浙江省住院医师规范化培训临床病理专业培训基地，市临床病理质控中心挂靠单位。与浙大附属邵逸夫医院病理科紧密合作（浙大衢州医院）。目前有工作人员19名，其中高级职称2名，中级职称8名，初级职称7名；硕士2名。

配备进口冰冻切片机、石蜡切片机2台、进口全自动脱水机2台，奥林巴斯及徕卡显微镜，进口数字投影示教系统、奥林巴斯示教显微镜，德国徕卡自动封片机、Leica荧光显微镜、赛默飞自动染色机等高新设备。

开展的诊断项目有：常规病理诊断、术中冰冻切片、免疫组化技术、液基细胞学及HPV检测，细针穿刺细胞学及细胞蜡块及骨髓活检病理诊断等。科室将积极独立开展分子病理诊断、肾脏病理诊断、肝脏穿刺病理诊断等新技术，与浙江省肿瘤医院合作建立肿瘤样本库。