儿科是衢州市医学重点学科，设儿内科及新生儿科,拥有高级职称12人，硕士1人，市级名医1人。

小儿内科对呼吸道疾病(特别是喘息性疾病)、心血管疾病、神经系统疾病、泌尿系疾病、结缔组织病以及各种危重病的抢救治疗等方面都有较高水平。

新生儿科配备高级婴儿培养箱10台，经皮胆红素测定仪1台，新生儿辐射抢救台1台，多功能监护仪10台，（新生儿、儿童）有创呼吸机1台，无创呼吸机2台。对新生儿缺血缺氧性脑病、呼吸衰竭、早产儿极低出生体重儿、溶血病及新生儿感染性疾病等方面诊治有丰富的经验。