针灸科伴随建院成立至今已有50年的历史，在著名针灸专家程莘农、杨甲三、姜揖君等教授带领下，逐步形成了医、教、研三位一体的独具特色的医院重点科室，在疾病防治方面独具特色，在国内外享有很高的声誉。已培养博士、硕士50余人，培养来自国内、外留学生、进修生上千人，承担国家科技部等各级科研课题数十项，获得各种奖项十余项。目前，科室有医生15人，护士8人，其中，高级职称医师8人，博士生导师1人，硕士生导师5人，80%以上的医师具有研究生学历。拥有门诊诊床30张，病房病床22张，并有独立的针灸教研室。
针灸作为一种独特的治疗手段，临床涉及内、外、妇、儿、五官等多种病症，建科初期的50-60年代，科室临床以门诊为主，根据多位专家的特长，较好地开展了对急性软组织损伤、关节炎、聋哑、中风、哮喘、面瘫、头痛、小儿麻痹、腹泻痢疾、风疹等数十种疾病的治疗，治疗方法以传统的针刺、艾灸、火罐等为主。同时针灸理论的研究也逐步深入进行，代表性的是1957年单玉堂先生首次提出了将闭穴变开穴的理论，按“一四二五三零规律”为子午流注按时取穴补上了24个穴位，70年代，已不满足于传统的治疗方法，开展了新的项目，新技术，如穴位割治治疗哮喘，疗程短、痛苦小、疗效高，特别是对于某些重症哮喘患者也有较好疗效，总有效率达80%以上。另外在腧穴作用及针刺手法方面的研究也有较好的成果，如用华佗夹脊穴治疗偏头痛，神经衰弱等有效率也达85%以上。对周围性面神经麻痹病症的治疗，分为初期、中期恢复期，分别施于浅刺、重刺、浅刺，以针刺为主配合艾条拔罐、ＴＤＰ照射等，治愈率达96%以上，有效率达99%。
1980年，随着针灸病房的恢复，科室开始对中风等针灸科常见危重症及其兼症进行研究，送中青年医师进行院内或外出进修，提高了他们的综合能力，特别是对急诊病的诊治水平，扩大了针灸病房的收治范围，使病房保持较高的病床使用率、周转率和治愈率。在临床取穴方面，经过几十年的临床研究，形成了以“杨甲三取穴经验”为主的取穴方法，并在国内推广。此外，在针灸治疗五官病症，皮肤病症方面也显示了简便、高效的特点。如耳穴，梅花针治疗假性近视有效率达90%以上。对带状疱疹、荨麻疹的治疗以针刺配合拨罐为主，有效率达98%。随着招生制度的改革，针灸研究生入科，在专家指导下对五输穴，八脉交会穴、针刺手法，从理论到临床做了大量研究工作，有部分新的发现，做了系统总结。
1990年以后，采取“门诊以常见病为主，病房以中风为主”、“治疗与康复相结合”、“传统手法与新设备相结合”等措施。目前已形成了以本科专家经验为基础的独特中风病辨证论治方法，对中见失语，中风痴呆、吞咽困难，肢体功能障碍等进行了系统研究，临床总有效率达96%以上，治愈显效率在90%以上。同时开始对其他老年病如糖尿病进行临床研究，且研究了一些有效的院内制剂，如“降糖丸”、“复言口服液”等，针刺治疗糖尿病的有效率也达85%以上。
八、九十年代科内还对针灸临床常见病痛证进行了广泛的研究，或从取穴规律进行探讨，或从某些具体痛症如头痛、软组织挫伤性痛、胁肋痛、头面痛、骨性关节病痛或从子午流注理论进行研究，均有可喜结果，有较多文章发表。
从1960年起，随着国际针灸热的兴起，对外医疗及学术交流不断增加，并被列为国内首批涉外医疗和学术交流单位，先后派出医师分赴越南、印度尼西亚、朝鲜、叙利亚、坦桑尼亚、日本、法国、德国、美国、意大利、澳大利亚、埃及、韩国等国家和地区进行医疗服务或学术交流，为中国针灸走向世界和我国外交事业作出了一定的贡献。
1991年3月，东直门医院院在德国办起了第一家中外合资医院，针灸科积极支持，长期派出高水平的医生参与医疗任务，深受当地人民的欢迎，大大增加了医院的知名度，也为医院赢得了可观的经济效益。
2003年医院因“非典”暂时关闭针灸病房，2007年10月再次恢复开诊以来，针灸科全体医护珍惜大好发展机会，适应新形势下医疗发展的需要，发挥优势特色，为创建北京地区名副其实的真正的针灸病房力行实践，显示了良好的发展势头。
近年来，医院的门诊量名列医院前茅，科室已形成数个治疗优势病种，如中风、失眠、抑郁症、颈腰椎病、痛症、耳聋、月经不调、更年期综合症。特色治疗包括：火针治疗带状疱疹、神经性皮炎等皮肤病；透刺法治疗关节炎、顽固性面瘫、面肌痉挛；电针治疗哮喘、过敏性鼻炎等过敏性疾病；子午流注针法减肥、美容；灸、罐综合防治亚健康，抗衰老；耳针疗法治疗消化系统疾病等，诊疗水平居国内先进水平，在北京地区享有盛誉。“针灸治疗周围性面瘫”已成为该院的十大优势病种。
在完成医疗教学任务的同时，科内人员积极开展科研工作。
1960年主要从事腧穴标准化研究，杨甲三教授出版《腧穴挂图》、《经络挂图》、《针灸临床取穴图解》。1985年，杨甲三教授出版《杨甲三取穴经验》并据此与北京电影制电厂合作拍成教学电影《针灸取穴法》，被译成英、日、西班牙语发行获我国部级科技成果乙等奖。1986年，张国瑞教授带领科内同仁发明的“子午流注按时取穴法”以方便、快捷、准确的取穴方法为特点，获卫生部科研成果工艺奖。1993年，以孟宪坤教授为主承担了国家在医药管理局攀登计划联系课题“以中风失语病人为对象，观察心舌相关联系”科研课题。
1999年以后，科室科研工作取得突飞猛进的成绩，作为课题负责单位、合作单位已承担国家科技部课题、国家中医药管理局课题、WHO项目、北京市科研课题、国外合作研究课题、北京中医药大学科研课题30项，如赵吉平教授等承担了国家中医药管理局科研课题“针刺不同腧穴对冠心病心功能等心血管指标影响的临床研究”、“电针肺俞穴对支气管哮喘（急性发作期）平喘作用的疗效评价”、WHO项目“针灸临床实践指南---针灸治疗假性球麻痹指南”等，特别是赵吉平教授作为课题负责人承担了科技部2008年“973”中医项目---“肺与大肠相表里脏腑相关理论的应用基础研究”中“基于表里经穴互治的肺与大肠络属关系研究”，代表针灸科的科研水平上升到一个新的台阶，另外，该科还是科技部973项目“调控胞宫的经穴效应特异性研究”分中心、科技部支撑计划“针灸治疗原发性痛经优化方案及临床共性技术研究”分中心、国家中医药管理局2007年中医药行业科技专项课题“针灸临床选穴的新技术新方法研究”的主要承担单位之一。
迄今为止，针灸科进行了各级各类科研课题共计30项。1958年到2008年，科室人员共出版专著60余部，发表各类学术论文300余篇，近年来，专业著作出版大量增多，并获得一定成绩，代表性的如《针灸特定穴详解》获得科技部国家科学技术学术著作出版基金(2006年)资助，是自1997年基金成立以来获得资助的第二本针灸著作，出版后将收藏于国家图书馆；《针灸学图表解》获2007年度北京中医药大学科技成果图书类二等奖。
针灸教研室自建科时成立，藏书1000余册，师资由科室统一安排，每拟3-4位老师，高、中、低年资配合，长期承担北京中医药大学医疗系本科班、七年制的《针灸学》课程的教学，临床教学承担着西学中，实习生、进修生、留学生、研究生等教学任务。1960年以来，已接受来自世界各地40多个国家和地区数千名留学生的学习，进修和学术交流。
多人多次参加教材编写工作，杨甲三教授主编全中国医院校专业统编教材《腧穴法》第一版，主编的《针灸学》获得卫生部优秀教材奖；姜揖君教授参加《经络学》教材编写，唐玉秀教授为《经络学》教材副主编，孟宪坤教授参加了《中国针灸概要》英文版的翻译和编译工作，赵吉平教授为《中医执业医师2006年度医师资格考试大纲、考试指南》、卫生部“十一五”国家级规划教材--国际中医药、针灸培训考试指导用书《临床针灸学》、《2006年全国临床中医学中西医结合医学中药学中医护理学专业技术资格考试大纲与指南》主编、全国高等中医药院校研究生教育卫生部“十一五”规划教材《针灸学临床研究》副主编、普通高等教育“十一五”国家级规划教材《针灸学》、新世纪全国高等中医药院校规划教材《针灸学》编委。
近年来科内人员还先后参与了五年制教学大纲的修订七年制教学大纲制订及辅导教材编写，建立针灸学考试题库等。
随着教材建设、人员培养的水平提高，针灸教研室很好的完成了各级各类教学任务，深受领导、管理部门、广大学生的好评，在历年的教学管理评分、学生评分中得到好成绩。在教育部组织的本科生教学评估中，在完成好该单位工作的基础上，积极协助相关部门工作，获得“优秀团队奖”“先进个人奖”。
针灸学科于1987年被定为硕士培养点，1989年被定为博士培养点，至今已培养出博士13名，硕士40余名。
学科注重人才培养，鼓励在职学历教育。在教学实践中师资水平也不断提高，先后有两人被评为北京市优秀教师，两人被评为北京市优秀青年骨干教师，多次参加院内的中青年教师授课比赛，有5人先后获奖。有全国第四批学术继承人2人，首批全国优秀中医临床人才1名且获优秀学员称号。
参加国际会议30会次，国内学术交流会议百余会次。数人次担任中国针灸学会常务理事、中国针灸学会针灸临床分会副理事长、北京针灸学会常务理事、中国针灸学会砭石分会理事等。
针灸科正在各级领导的大力支持下，振奋精神，厚积勃发，为振兴针灸事业而努力工作着。
