南通中医院内科成立于建院之初的1956年，经过几代人的共同努力，已经发展成为一个二级分科较为齐全，年门诊量11万余人次，出院病人近2000人次，业务收入3600多万元的临床一级科室。

南通中医院内科下设省中医重点专科消化内科（脾胃、肝胆）、市中医重点专科风湿内科、心内科、肾、内分泌内科、呼吸内科、肿瘤内科、老干部病区等二级专科，以及血液净化中心和内窥镜室；拥有主任医师、副主任医师20余名，在职的全国名中医2名，省名中医1名，市名中医2名。

围绕“中医很优秀，西医也一流”的奋斗目标，“中西结合，标本兼治”的服务理念，内科以中医为优势，中西医结合为特点，开展医疗、教学、科研工作。目前，消化科开展内镜下消化道息肉切除、支架置入、异物钳取、食道静脉曲张套扎、DSA下脾动脉栓塞等治疗；心内科开展临时和永久性心脏起搏器（单腔、双腔）置入、射频消融、冠状动脉造影、PTCA和支架植入等心脏介入手术；肾、内分泌科开展血液净化治疗、胰岛素泵强化治?糖尿病；呼吸科开展无创、有创机械通气治疗、纤维支气管镜检查及镜下治疗等。

近年来，南通中医院内科在省级以上杂志发表论文200余篇。出版专著5部，完成科研课题10余项，部分获省、市科技成果奖励。