南京医科大学第二附属医院（又名南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院），是南京医科大学直属临床教学医院，是卫生部全科医师培训基地、卫生部消化内镜诊疗培训基地、卫生部妇科四级腔镜诊疗培训基地以及国家药物临床试验机构（12个专业）。医院的前身是南京市第四医院，1981年成为南京医学院第二附属医院，南京医学院附属儿童医院，后随南京医科大学的改名，改为南京医科大学第二附属医院，2007年单设南京医科大学第二临床医学院。2007年托管南京市第三医院（原南京铁路医院），成立南京医科大学第二附属医院东院。2009年成为三级甲等综合医院。

　　医院共占地3.75万平方米，建筑面积7.64万平方米，开放床位1200张，年门诊量超过120万人次，出院病人接近5万人次。医院职工人数2000多人，其中高级职称331人，中级职称543人，博士生导师10人，硕士生导师73人，教授13人，副教授47人；江苏省“突贡”人才2人，“双创”人才3名，特聘教授1人，特聘医学专家1位，“333”工程”带头人15人，“六大人才高峰”项目资助17人，“兴卫工程”重点学科1项（共建）、领军人才（创新团队）3人、重点人才4人（2名共建）。

　　自2007年3月，托管南京市三院（南原京铁路医院）成立东院后，医院拥有两个院区。医院先后将儿科、妇产科、肾脏内科、眼科、耳鼻喉科等整建制搬迁至东院，本部重点发展消化科、普外科、全科医学等，初步形成本部以“大专科、大综合”、东院以“大专科、小综合”为特色的医疗格局。近五年，医院主要业务指标持续保持30％的增长，医院业务收入由3.2亿元增至10. 7亿元；年门诊量由58.5万人次增至122.5万人次；出院病人由2.12万人次增至4.7万人次；平均住院天数由12.9天降至10.2天。国家自然科学基金项目由零突破至12项，SCI论文由几篇到73篇每年。

　　医院设有37个临床科室，其中消化内科、儿科、肾脏内科、妇产科、老年医学科、神经内科、内分泌科、普外科、肿瘤科、泌尿外科、眼科等十一个专科为江苏省级临床重点专科。儿童医学中心儿童医学中心加快向“专科医院模式”方向发展，共有5个病区，6个亚专科，140张床位，2009年7月，南京市卫生局将东院儿童医学中心挂牌成为南医大二附院儿童医院，年门急诊量约25万人次，出院病人近万人次，是南京地区综合医院中规模最大的儿童医院。消化医学中心由一个内镜中心、3个病区和一个研究所组成，共有床位97张，拥有专利八项，年内镜手术数约15000例次，其中ERCP超过1000例次；肾脏病中心拥有2个病区、1个实验室、1个透析中心， 共有58张床位，130台透析机，年透析病人超过7万台次；肾脏内科为江苏省临床重点学科，拥有江苏省特聘教授、江苏省“双创人才”、医学领军人才，拥有多项国家级科研项目和高影响因子SCI论文。妇产科拥有一栋独立病房楼，共有3个病区，98张床位，全年门急诊量超过10万人次，年手术量约3000例次，年分娩数仅次于南京市妇幼保健院。老年医学科拥有两个病区，一个实验室，63张床位，拥有多项国家级科研项目和高影响因子SCI论文，为江苏省医学会科学普及与健康教育主委单位、老年医学副主委单位。

　　医院有医技科室20余个，其中放射科、物理诊断科、放疗科、检验科、病理科人才济济、设施齐全，拥有一批先进的医疗仪器设备，如核磁共振、64排CT、科研型螺旋CT、直线加速器、癫痫刀、激光碎石机、DSA、ECT、PACS系统、彩色超声仪、彩色经颅多普勒血流仪、24小时动态心电图、自动十二导心电图机、全自动生化分析仪、全自动电化学免疫发光仪、肿瘤超声聚焦刀、热疗仪等。可开展肿瘤的常规放射治疗、介入治疗、立体定向适形放疗（X-刀），能够满足全身各个器官的诊断，开展各种类型的化验诊断。

　　医院曾获得全国抗震救灾先进集体称号、中国红十字优秀冠名医疗机构及江苏省优秀红十字医院称号、全国总工会科教文卫工会“工人先锋号”称号、江苏省卫生系统抗震救灾先进集体称号、江苏省总工会“五一”劳动奖状、江苏省工会模范职工之家、江苏省省级机关文明单位等荣誉。医院坚持“要让病人满意，先让职工满意；态度决定一切，细节决定成败”的管理理念；坚持“服务病人、满意病人、感动病人”的服务理念；坚持“2007-2015三个三年”的医院发展战略，医院正在积极建设一幢约5万平方米的医学综合楼，全面提升医院综合实力，努力将医院建成省属大型教学型综合医院。