南京军区总院是一所医教研协调发展的大型综合性医院。1994年首批被评为三级甲等医院,1999年获得全国百佳医院称号,2000年经人事部批准,在全国医院系统首家设立博士后科研工作站,2002年被批准独立招收博士后。2003年7月,医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获全国拥政爱民模范单位称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。

　　南京军区总院以建设国内一流、军内领先、与国际接轨的现代化医院为总目标,以全面建设,重点突破,提高层次,扩大影响,真情回报部队和社会为发展思路。坚持以人为本的管理理念,坚持科技兴院、人才强院的发展战略。积极推进医院后勤保障社会化,积极运用现代科技管理手段,大力推进医院信息化建设,建有400多个终端的计算机局域网；自主开发了南京总医院网、南京总医院博士后科研工作站网等四个网站。

　　南京军区总院现展开床位1600张。设有51个科室,其中临床科室27个,医技科室24个。建有国家重点学科1个,国家（全军）临床药理基地1个；全军医学研究所2个,全军十五重中之重学科2个,全军器官移植及肾脏病重点实验室2个,全军医学检验中心1个,全军优生优育指导中心1个；军区级医学研究所2个,军区级医学专科中心10个；江苏省医学重点实验室2个,江苏省重点学科3个,江苏省实验动物清洁级（大小鼠）基地1个；设有临床科实验室18个,ICU、CCU病房8个。

　　南京军区总院整体医疗技术水平较高,尤其是心肺脑复苏,肾小球疾病的诊断和治疗,慢性肾衰的中西医结合治疗,小肠移植、肠外瘘的治疗,全肠外营养的研究和应用,脑垂体移植、心脏移植、复杂心脏病的手术治疗等,临床药效学、药动学的研究及应用,自体干细胞骨髓移植,应用全血脂吸附方法进行血脂净化,子宫内膜异位症的研究和男性不育症的中西医结合治疗,肝炎病理和心脏病理的研究、临床免疫的研究和男性病实验室诊断等都取得了显著成效,2003年医院成功实施亚洲首例肝脏小肠联合移植、国际首例头皮及耳廓联合移植手术。