大通县中医院系2007年9月由原青海重型机床厂职工医院、青海水泥厂职工医院、青海化工医院三家企业移交地方的医院基础上组建而成。2012年4月18日正式命名为“大通回族土族自治县中医院”。2016年5月29日整合东峡、良教、向化、朔北、塔尔、桥头、桦林、窎沟、药草9个卫生院、桥头社区服务中心及89个村卫生室，正式挂牌成为西宁市第一医疗集团第三分院并开始运行。

医院占地面积为1.86万平方米，业务用房面积为0.62万平方米。2013年10月被评为“二级甲等中医医院”，2017年2月被评为“西宁市中藏医名院”。

医院编制床位247张，实际开放247张，设有急诊科、外科、妇产科、脾胃病科、心肺病科、内分泌科、针灸科、手术麻醉科、口腔科9个临床科室，放射科、功能科、检验科、药械科、内镜诊疗中心5个辅助科室。脾胃病科为国家级农村地区重点专科建设科室、“西宁市中藏医名科”；针灸科、心肺科、内分泌科为院内重点专科。全院现有职工249人，其中卫生专业技术人员195人，医生63人，护士100人，其他32。有高级职称13人（其中正高1人，副高12人），中级职称32人。

目前医院拥有德国西门子16排螺旋CT、DR数字摄影系统、飞利浦彩色多普勒超声诊断仪、奥林帕斯290内镜系统、全自动生化分析仪、发光免疫分析仪、微生物分析仪等诊疗设备。

医院注重突出中医特色，发挥中医优势，紧紧围绕“中”字作文章，不断加强中医特色疗法的应用与推广，中药敷贴疗法、电火花疗法、火疗、蜡疗、火针、各类康复理疗等技术,在针灸科的牵头下，各科室各项中医特色诊疗技术得到了广泛推广应用，越来越多的病人选择该院作为康复诊疗的首选医院。