西安市中心医院糖坊街院区前身为教会医院，1951年被西安市人民政府命名为西安市第二医院，于2018年2月因西安市医疗资源规划调整整体划拨给西安市中心医院。

2020年2月1日，西安市中心医院糖坊街院区作为新型冠状病毒肺炎隔离病区正式启用。期间，医院共派出4批医护人员共计270人参与糖坊街隔离病区患者救治工作，共收治隔离及发热患者1746例。

西安市中心医院糖坊街院区占地面积22.8亩，建筑总面积约1.7万平方米。院区门诊开设口腔科、中医针灸科、全科医学科、神经内科康复中心；病房设置感染科、老年病科、血液病研究所、肿瘤科、全科医学科、中医针灸科；医技科室有检验科、药剂科、国家药物临床试验机构办公室、（I期临床试验中心）、超声医学科、心电图室等。

糖坊街院区一切以患者为中心，在门诊大厅设立“一站式”服务中心，除饮水机、纸笔、针线、充电宝、雨伞、失物招领、行李寄存等常态化便民服务内容外，还开展了针对行动不便患者、残疾人等特殊人群全程陪诊服务；为外地及有需求的患者免费发送邮寄相关检验、检查结果、票据等。

为给患者提供便捷的就医体验，新院区与主院区医保结算系统互通，实现全功能窗口办理业务，糖坊街院区就诊患者可在糖坊街院区办理所有医保业务；主院区与糖坊街院区之间以爱心摆渡专用车转运患者。