中国人民武装警察部队新疆总队医院是自治区、乌鲁木齐市和兵团城镇职工基本医疗保险的定点医疗机构，，2005年11月14日，医院挂牌“三级甲等”医院；2006年7月28日，医院又荣膺全军“先进医院”、全军“信息化建设先进医院”、全国百家”诚信医院“、国家”A级守信医院“、通过ISO9001:2000国际质量认证五项殊荣。2006年官兵就诊满意率达到98.6%。

医院以肝胆外科为龙头的专科建设成效显著，为武警新疆总队医院迈入全军先进医院打下良好基础。医院的肾结石体外碎石术走在自治区前列，成功地完成了全髋和全膝置换术、鼾症治疗术、心脏永久起搏器植入术、肾移植术等多项新技术，使医院取得了良好的社会效益和经济效益。