香港大学深圳医院儿科提供全面性的医疗服务予儿童及青少年，包括普通科及各专科门诊，如血液科、肿瘤科、肾科、内分泌及生长科、呼吸科、神经科、心脏科、智力发展及行为科门诊及遗传基因科门诊等，由经验丰富的顾问医生主理。为了配合产科服务，儿科将提供新生儿护理服务，并将附设先进仪器设备。儿科服务注重家庭护理的概念，儿童及其家庭的生理及心理需要均备受照料。

儿科中心的环境设计特别采用丰富色彩及柔软材质打造，为前来就诊的儿童创造轻松、愉快的就诊体验。普通儿科不需转介，可直接预约。

香港大学深圳医院儿科由香港大学儿童及青少科学系系主任陈志峰医生担任部门主管，负责全盘规划及管理儿科发展。陈志峰医生是香港儿童血液和肿瘤研究组的前会长，亦是亚洲儿童血液肿瘤研究组的现任秘书。