结直肠及肛门外科负责结直肠、肛门、小肠和阑尾的良恶性疾病的诊治。同时，依靠普通外科技术专长和先进的腹腔镜技术，部门同时负责择期和急诊腹壁疝病人的诊治。
腹腔镜外科结直肠外科腹腔镜手术发展迅猛。随着经验的积累，结直肠及肛门外科现在几乎能通过腹腔镜技术实施所有结直肠手术。香港大学目前常规开展腹腔镜经腹会阴前切除术，低位前切除术，和全结直肠切除+回肠储袋手术。科室的结果显示采用微创技术，病人恢复更快及有更高的满意度。腹腔镜技术也应用于复杂的结直肠良性疾病，如复杂性结肠憩室病，炎症性肠病等。
部门大部分成员均掌握先进的腹腔镜技术，因此发展微创结直肠手术是本部门的主要方向，除常规复杂的结直肠手术外，科室还探索开展单孔腹腔镜和经自然腔道内镜手术。
肛肠外科科室门诊病人肛肠疾病很普遍，常规开展门诊痔疮手术。科室在香港最早开展吻合器痔切除术，观察显示其具有疼痛少、恢复快等优点。自2000年起科室在门诊常规开展此项技术。同时，积极探索痔疮的其他治疗方法。在香港大学深圳医院，彩色多普勒引导下痔动脉结扎仪器不久将可应用。
疝外科近年来，疝外科发展迅速，是一个不断研究改进的领域。疝外科发展重点是微创修补术、人工补片改进和腹膜外腹股沟疝修补术。科室切口疝目前大部分采用腹腔镜修补以降低手术创伤的风险。对部分合适病人，科室还开展嵌顿疝急诊腹腔镜修补术。
内镜及支架置入除诊断外，科室常规开展内镜下息肉切除术和金属支架置入术，因此大部分结直肠急性梗阻病人不需要临时性肠造口。
科室成员不断掌握各种先进的内镜技术，部分成员已接受内镜下粘膜切除术和内镜下粘膜下剥离术等的训练。
