香港大学深圳医院肝胆胰外科于建院时成立。目前是医院“六大卓越中心”之一，在粤港合作框架下，引进了享誉世界的香港玛丽医院肝胆胰及肝移植外科人才及技术，致力于为粤港澳大湾区居民提供最高标准的临床服务。作为医院的重点发展专科，科室秉承循证医学的最高标准和规范，寻求开拓性的新外科技术以降低并发症率及死亡率，目标是提供卓越的临床服务，潜心科研及培训未来的外科医生。

2018年，港大深圳医院通过深圳市医疗卫生“三名工程”引进了“香港玛丽医院卢宠茂教授卓越肝脏移植团队”。2018年6月，医院入选广东省首批高水平医院建设“登峰计划”培育单位，肝移植纳入本院“高水平医院建设”的重点建设项目。科室将努力打造集“医、教、研、管”为一体的粤港澳大湾区肝胆胰外科及肝移植外科国际化中心为目标。