肛肠科设立于上世纪九十年代初，为海宁市首批临床医学重点学科，上海交大结直肠癌诊疗中心“海宁分中心”、上海交大炎症性肠病诊治中心“海宁分中心”、浙江省中西医结合肛肠病专科联盟单位、浙江省肿瘤微创外科联盟成员单位，世界盆底疾病联盟单位。目前拥有一个门诊诊疗楼层，两个病区，床位96张，一个肛肠监护病房；医护人员50名，其中高级职称4名，中级11名。分设有四个亚学科：结直肠肿瘤学科、肠病（炎症性和功能性）学科、肛门痔瘘学科和便秘盆底疾病学科。开设特色专病门诊：结肠直肠肿瘤专病门诊、炎性肠病专病门诊、便秘盆底专病门诊、腹痛专病门诊、女子肛肠病专病门诊、小儿肛周脓肿专病门诊、造口门诊。

科室采用中西医结合“马桥序贯疗法”治疗痔、瘘、裂等肛门肠道的常见病、多发病和各种疑难杂症。开展电子结肠镜、小肠CTE、胶囊内镜、小肠镜、消化道造影、结肠运输试验、排粪造影、肛门测压、盆底功能评估等消化道肛门疾病的检查。擅长于结肠直肠肿瘤（包括腹腔镜下）的Dixon\Miles\Hartmann术、直肠脱垂的Delorme手术、Altemeier手术、环状混合痔切除术、痔动脉多普勒结扎术、肛门皮瓣成形术、高位复杂性肛瘘的瘘管移位术和肛瘘镜、生物栓手术、陈旧性肛裂转移皮瓣成形术，痔上粘膜环切术（PPH\SPH\TST）以及肠镜下超声检查和各类微创手术：EMR、ESD、支架植入、肠道各类粘膜和粘膜下肿瘤挖除术与开窗术、肠狭窄球囊扩张、肠梗阻导管置入等等。开展各类便秘、盆底疾病的评估、生物反馈治疗、针灸埋线与火疗、炎症性肠病的规范化治疗、结肠、直肠肿瘤的新辅助化疗和生物靶向治疗、肛门周围药物封闭治疗等等。采用中西医结合诸法治疗慢性便秘、炎症性肠病、功能性胃肠病、肠梗阻、缺血性肠病、盆底功能障碍以及结肠直肠肿瘤、痔、瘘、裂等肛肠疾病。结肠直肠息肉的内镜下治疗、缺血性肠炎抗凝治疗、炎性肠病的规范化治疗(激素、免疫抑制剂、生物制剂治疗)、肠内营养支持治疗，均通过科研立项、评审达到了国内先进水平。提出了混合痔的血管张力与括约肌紧张失衡学说，发明环状混合痔粘膜悬吊技术，开展粪菌移植的研究。发表科研论文（国家科技I\II杂志）10数篇。年门诊人次3万余人，收治病人3000余人次，开展各类手术2500多例次，内镜检查、治疗5000余例，服务半径辐射周边县市。