小儿感染科是四川省危重型手足口病的救治中心，承担了四川省儿童感染性疾病的疑难危重会诊、省内外突发公共卫生事件的处置。是中华医学会儿科分会感染学组副组长和消化学组委员单位，四川省唯一的儿童感染性疾病甲级重点学科单位，制定了《中国0至5岁儿童病因不明急性发热诊断和处理若干问题循证指南》。近十年来，主编和参编各类教材和专著十多部。

小儿感染科的创健人刘正乐教授主持的乙脑减毒活疫苗的临床疗效研究，为我国乙脑减毒活疫苗走向世界做出了巨大贡献。以万朝敏教授为学术带头人的专业团队对于儿童感染性疾病及传染病，特别是儿童结核病的规范化诊断和治疗处于全国领先、国际一流的水平。

本专业主要诊治的疾病有儿童各种感染/传染性疾病、儿童肝病等，如儿童结核病、感染性腹泻、脓毒症、肝炎肝损害、婴儿肝炎综合征、先天性梅毒、中枢神经系统感染、各种出疹性疾病、腮腺炎、各种儿童病毒性肝炎及各类儿童肝病等，特别是在抢救流行性脑脊髓膜炎、中毒性菌痢、结核性脑膜炎、急性和慢性肝衰竭、危重症手足口病、危重症H1N1等疑难重症，以及抗微生物药物的合理使用、不明原因发热诊治方面有丰富的临床经验。近年来，科室开展了儿童肝脏穿刺术，儿童肝活检新技术及慢性乙肝抗病毒治疗，遗传代谢性疾病血、尿气/液相色谱分析，多种儿童肝病基因检测，耐药结核基因分型及药敏试验。对儿童肝病、耐药结核、结核合并药物性肝损害、巨细胞病毒性肝炎等疑难病症，以及耐药细菌、真菌、寄生虫感染有独到的诊疗经验。

小儿感染科还是全国《中国遗传代谢性肝病注册研究》项目协作组成员、华西儿童肝移植协作组成员、四川感染与肝病专科联盟会员单位，已与华西医院儿童外科和肝脏移植中心展开合作，承担儿童肝移植手术的前期准备和后期随访工作。