四川大学华西第二医院病理科筹建成立于1998年，前身为“病理冰冻诊断室”，建科之初科室仅有医师及技术员各一名，主要承担手术中快速冷冻病理诊断，年诊断量仅约400例。伴随着华西二院整体快速发展的脚步，在医院各级领导的殷切关心与支持下，在科室所有同仁的艰苦奋斗下，十余年来，病理科经历了跨越式的发展，目前已成为集医教研于一体，拥有成熟人才梯队，在国内具有一定影响力和具有专业特色的妇女儿童专科医院病理科。该科工作范畴全面囊括外检、术中快速冷冻切片诊断、细胞学、尸检，并已常规开展免疫组化、原位杂交、PCR等各项分子病理学技术。
病理学是联系临床和基础医学之间最紧密的桥梁。病理诊断的实质是对患者的标本进行细胞水平或分子水平的诊断，这是目前公认的疾病诊断手段中最可靠的定性诊断，即“金标准”。他们无时无刻不感到自己身上所肩负的重任，科室上下始终团结一心，克服困难，努力钻研，勇于进取，每一份诊断书都凝结着病理医生和病理技术员的辛勤劳动。
科室现有人员34名，含医生19人（高级职称4名、中级职称8人，初级职称7人），技术人员15人（硕士研究生1名，本科9名，专科5名）。科室现设主任1名，下分设经管、医疗、教学、科研及技术小组各1名负责人，结构完善。
临床工作每年均以20%左右的速度向上增长，以2011年为例，全年完成临床工作量66,870例。医疗质量是医疗工作的永恒主题，诊断质量不断提高，力求“正确、稳妥、及时”，诊断准确率——活检99.8%，冰冻98.6%。在院内，为促进妇科疾病诊治的多学科团队协作，共同总结经验，进一步提升医院妇科疾病的诊治水平，推动妇幼事业的发展，病理科与妇科及其他医疗相关技术科室每月定期开展一次“多学科临床病例讨论会”，讨论疑难病例，了解临床需要，更好地为病员服务。
科室现有硕士生导师3名，每年协助指导百余位研究生（含硕士及博士）的学位课题和学位论文中与病理相关的工作。科室也是四川省首批病理住院医师规范化培训基地之一。同时，科室还与山西医科大学临汾学院签订合作协议，成为该校病理技术专业学生的实习基地，每年定期接受4-8名学生到到病理科实习，已向全国三甲医院输送10余名成熟的病理技术员。
作为集医、教、研的医疗单位，在兼顾大量的临床工作与教学任务的同时，也重视科研工作。至2011年，成功申请国家自然科学基金3项，在全国同类同级医院位居第1，甚至远超过全国许多知名的三甲医院，提前5年实现国家级课题零的突破，目前在研国家及省级课题共6个。
