小儿外科成立于1960年10月1日，由全国著名的小儿外科专家胡廷泽教授组建，是国内最早建立的小儿外科中心之一。经过近60年四代华西人的不懈努力，目前已成为集医疗、教学、科研为一体的儿童外科医疗中心，四川省和成都市医学会小儿外科专委会主委单位，西部区域重要的疑难急症诊疗中心，其综合实力和学术影响力位于全国前列。目前在岗教授9名（含终身教授1名，返聘教授3名）、副教授9名、主治医师12名，医护人员总计70余人。

四川大学华西医院小儿外科专业是全国最早被批准的六个小儿外科硕士、博士点之一，已为国家培养超过100名优秀的小儿外科研究生，目前在读博士、硕士研究生20余人。四川大学华西医院小儿外科于2006年成为首批卫生部全国小儿外科专科医师培养基地。2007年与四川大学华西第二医院儿内科一起被授予儿科学卫生部全国重点学科。2012年与四川大学华西第二医院儿内科一起成立四川大学华西儿童医学中心。

自2011年起，四川大学华西第二医院联合华西医院小儿外科在华西院区门诊开设了儿外科专科会诊门诊，共接诊患者8万多人次，极大地方便了儿童专科患者的就诊需求。2019年2月锦江院区小儿外科会诊门诊开诊，实现了小儿外科门诊在两院区的同时接诊。2019年9月2日起，增加了小儿外科在华西第二医院的出诊专家人次及接诊时间，专业覆盖更广，涉及小儿泌尿外科、小儿普胸外科、小儿骨科、小儿普通外科及新生儿外科等。

2019年11月20日，华西第二医院锦江院区小儿外科病房正式启用。开设编制床位35张，包含新生儿外科床位12张。主要收治小儿颈胸及微创外科、新生儿外科等专业组疾病患儿。同时，启用的小儿外科手术室配备了小儿全套4k高清胸腔镜和腹腔镜设备、国际一流的新生儿外科专用手术器械等先进的小儿外科治疗仪器设备。小儿外科病房在华西医院与华西二院合作建设、共同管理下，必将以优越的医疗能力、先进的服务理念为西南地区乃至全国的儿童健康做出更大的贡献！