肛肠科为医院优质护理病房，“四川省及遂宁市重点中医专科”、“鲍继海劳模创新工作室”设置在该科室。前身为痔瘘科，是由西南痔瘘名家黄济川、夏君鹏为主的陈跃中的传人赵泽深副主任医师于1958年创建，是以治疗痔瘘、肛周、直肠等疾病临床科室。科室编制床位80张，病床使用率140%，年出院病人2000余人，年手术1700余台次。科室技术力量雄厚，全科医护人员22人，拥有中西医结合主治医师1人，中西医结合医师1人，副主任医师1人，主治医师2人，中西医结合主治医师1人，中西医结合医师1人，硕士研究生2人。

科室将传统医术与现代医学相结合，拥有日本电子肠镜、Carntion10型光子治疗仪、mmd-448c智能中药熏洗肛肠镜、XNC-ZZ型多功能电脑疾病检查系统、电脑多功能手术床等先进设备。肛肠理疗仪、中药熏洗治疗仪、红外线治疗仪，逐渐形成了中西结合的治疗特色，对内痔、外痔、混台痔、肛裂、肛周脓肿、直结肠炎等肛肠疾病的治疗迅速有效，同时开展RPH（自动痔套扎术）、PPH(吻合器痔上黏膜环切术)、HCPT（高频电容场痔切闭术）、DG-HAL（多普勒引导下痔动脉结扎术）等选择性治疗方法，基本涵盖目前肛肠领域各类有创、微创和无创治疗手段。对高位复杂性肛瘘、成人直肠黏膜脱垂、出口梗阻性便秘、直肠腺瘤等复杂肛肠病有独到之处，特别是对直肠癌的早期诊断、治疗独具特色。

科室在传承老一辈技术的基础上，坚持中西医结合的特色，中西医结合方法研究、诊断、治疗肛肠疾病，取中西医各自治疗肛肠疾病的优点，进行了大量的临床实践及科学研究，形成了治疗肛肠疾病"痛苦小、疗效高、疗程短、并发症后遗症少"的特色，灵活运用各项技术治疗肛肠疾病。一是放射状多个小切口治疗环形外痔及混合痔，此项技术获得"市科技进步三等奖"；二是经肛肠科几代人研制独创的"消肿痔疮膏"，对术后的消肿止痛、止痛生肌有非常好的效果，有效率达95%以上；三是自制链霉素溶液，广泛用于直肠炎、结肠炎、肛瘘、肛周脓肿的临床治疗；四是挂线法治疗肛门]狭窄，变复杂手术未为简单手术、大手术为小手术；五是改进挂线法并结合放射状多切口技术，将肛瘘、肛周脓肿的治疗时间缩短了近2/3的疗程，有效减少了患者痛苦；六是科室自主创新术式"闭合式侧切术治疗耻骨直肠肌病变性便难"，获得遂宁市科技进步二等奖。