乌海市传染病医院是2003年底，经自治区发改委批准立项，国债投资410万，市政府配套50万，于2004年开工，2005年9月竣工。乌海市编委会于2006年底正式批准在原乌海市结核病防治所的基础上，组建乌海市传染病医院，除继续承担结核病控制项目工作以外，还承担着全市及周边地区包括传染病疫情在内的各种突发公共卫生事件的抢救、治疗、护理工作。

医院占地面积两万多平方米，按照卫生部及《传染病医院建设标准》对传染病医院的规划要求设计，应“重视医疗区内病患者诊疗活动区域与医务工作人员工作区域的相对区划。减少洁净与污染人流物流的相互交叉与相互感染机率。”要“具有预留发展空间的特性。”乌海市传染病医院初建时只有病区，建设面积5000平方米。分为清洁区、半污染区、污染区三部分。设有绿化隔离带，工作人员和患者双通道布局，有污水处理系统，分为呼吸道传染病区和非呼吸道传染病区。开放病床40张，病房均为两人间，内设缓冲间、卫生洗浴间、中央监控及传呼，通风日照良好，就诊环境舒适优美，交通便利。

2006年，经市政府批准建设乌海市传染病医院行政生活区，行政办公及生活区500平方米，现已投入使用，尚需增加一些必要的办公设施，请发改委协调解决部分投入。