药学部设有门诊药房、急诊药房、儿科药房、中药房、病区药房、静脉用药调配中心药库、临床药学、制剂生产、质检检测等部门。现有药学专业技术人员147名，其中临床药学团队37名，含主任药师2名，副主任药师5名；博士学历7名，硕士学历16名，硕士生导师1名。

2017全年调配处方量7977273张，医嘱审核173776次，优化临床药物治疗的用药建议2799次，为患者提供用药教育25523人次，静脉药物冲配724587袋，制剂生产1593801支，TDM及药物相关个体化基因检测21720例次。

2010年12月，药学部成为全国首批五家国家重点临床药学专科建设单位之一，获得全国医院药事管理优秀奖等奖项。2018年获批上海市临床重点专科（展两翼）建设项目。2018年成立上海交通大学医学院临床药学创新研究院。2016、2017年度中国医院最佳专科声誉排行榜中，新华临床药学连续进入全国排名前十。

近五年，药学疑难病例会诊、优化用药方案的数量持续增长；创新开展药学门诊，合理用药前置审方系统，基于TDM和基因检测的精准用药方案设计等工作。建设移动药师信息系统、药品物流条码追溯系统、冷链管理平台、不良反应监测平台、iPharma智能药学服务平台，秀丽线虫模式动物药物筛选平台等，有效保障医疗质量和用药安全。

药学部每年为全国培养多名优秀的临床药师。2006年起为卫生部首批十九家临床药师培训基地之一，2017年成为中华医学会临床药师和师资培训中心。每年举办全国性药学论坛和国家级继续教育项目，培养基层药师，为带动临床药学发展发挥积极作用。

药学部多项特色技术在全国处于领先水平，及2017年例数如下：（1）精准技术支持的个体化用药方案制订19949例；（2）用药教育23427例；（3）临床用药咨询、患者用药咨询1302例；（4）药学会诊1464例；（5）全医嘱审核173776条；（6）治疗药物优化建议2799例；（7）药物专项病史调查3334例；（8）药学门诊随访、在线用药指导815例；（9）多重用药医嘱重整907例；（10）药品不良反应实时监测及干预：肝肾功能异常1786例；（11）药品物流安全保障平台；（12）针剂自动机分拣系统；（13）iPharma智能用药大数据挖掘系统；（14）智能核对与用药宣教系统；（15）LIMS实验室数据溯源管理系统；(16)耐药菌敏感药物筛选系统；（17）新华e药-药学服务平台。

2017年开展积极疑难病例综合治疗和多学科诊疗（MDT），包括成人重症感染，儿童重症感染，慢性疼痛，老年危重患者及孕产妇危重患者等多种疾病类型。

药学部设立了抗感染、抗凝管理、儿科疾病与发育、代谢相关疾病、肿瘤和疼痛等五个亚专科。

亚专科一：抗感染。参与感染患者的查房，在重症感染患者的诊疗、会诊和MDT团队中发挥出药师的作用，近五年共提出抗感染治疗意见4000多条。并通过开展治疗药物浓度检测（TDM），解决复杂重症患者的抗感染方案设计和用药安全监护，共计500多次。

亚专科二：抗凝管理。通过基因检测制定个体化用药方案，以及药师门诊对患者随访，提高药物治疗的安全性和有效性。截止2017年11月份，调整用药方案1256例，用药建议25792例，其中12157例为抗血栓药物的基因检测报告。药学部为“中国抗血栓药物治疗联盟理事单位”，参与中国抗血栓药物治疗标准化工作。

亚专科三：儿科疾病与发育。开展了儿童患者呼吸、神经、血液、肾脏、消化等系统疾病的药学监护、药物治疗方案干预、用药教育与咨询；为重症患儿提供药学会诊。发展血药浓度监测、基因检测等技术，开设儿童药物咨询门诊，提供个体化、精细化药学服务。

亚专科四：代谢相关疾病。临床药师共提出代谢疾病相关药物治疗意见500余条。通过开展治疗药物浓度检测（TDM）和基因检测技术，解决复杂代谢疾病患者的用药方案设计和用药安全监护，共计500多次。

亚专科五：肿瘤和疼痛。与疼痛科成立联合门诊，在肿瘤科成立癌痛示范病房（GPM），与临床医生讨论确定最适合的治疗方案，分析药物相互作用，并为患者一对一疼痛教育及疼痛药物用药教育。利用基因检测技术，为肿瘤患者提供个体化的用药方案，目前已开展肿瘤药物基因检测500余例。