附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、规范化服务达标医院、首都平安示范医院。同时也是北京大学医学部博士、硕士学位研究生培养点，北京市住院医师规范化培训基地。
附属儿童医院编制床位400张，设有25个临床科室、9个医技科室。住院部设有14个病房。手术室设有百、千级手术室8间。医院承担着北京市和外省市患儿的医疗救治工作，年门急诊量和出院患者逐年增加，2013年门急诊量达192.3万人次，年住院病人22514人次，年病房手术例数5859例。2002年、2005年医院建设了新门诊楼和病房楼，就诊环境和医疗设施得到极大改善。
呼吸内科是北京市儿童呼吸道疾病诊断治疗中心，是北京市重点扶植的学科，国家临床重点专科。科室拥有呼吸专业门诊、哮喘门诊及多个检查室包括纤维支气管镜室、呼吸睡眠监测室、肺功能室、反复呼吸道感染（RRI）及免疫治疗门诊。该科室承担多项国家级、省部级及国际合作类重点科研项目。呼吸内科在儿童呼吸系统疾病的诊断治疗中取得了多项突破，儿童哮喘防治综合治疗方案被列入卫生部“十年百项”科技成果推广项目；儿童肺炎中病毒及支原体的分离鉴定技术处于国内领先水平。
