医院创建于1915年，是崇明地区规模最大、设施最先进，集医疗、教学、科研和管理为一体的现代化综合性教学医院，连续七届被评为上海市文明单位。2009年，上海市政府提出“5+3+1”工程，政府授权上海交通大学医学院附属新华医院负责全面管理和建设工作。2013年被授予三级乙等医院称号。

医院占地面积112亩，建筑面积约11.2万平方米。核定床位数1000张，有33个临床科室，18个病区。骨科、肿瘤科和普外科被列为市级重点专科；普外科、全科医学科、呼吸内科、医学影像科和妇产科等7个学科是上海市住院医师规范化培训教学基地。肿瘤科、急危重症科、消化科和泌尿外科等13个学科是县级重点学科，医院设有内镜室、导管室、血透室、特需体检等多个诊疗平台。各学科特色明显，有腹腔镜、胸腔镜、宫腔镜、输尿管镜等微创治疗，超声、放射、心血管病介入诊治具有区域优势。医院在急危重症病、疑难杂症等疾病的救治水平属区域内一流。

    医院作为上海交通大学医学院与安徽医科大学教学医院、蚌埠医学院附属医院，承担着一定的教学任务，培养了大批医学生；近年来医院广纳贤才，同时通过优青选拔、导师制培养搭建人才梯队，为医院发展注入活力和生机。目前，医院在职职工1170人，专业技术人员占职工总人数的82%。其中，具有中高级职称的占专业技术人员52%。新华总院派遣专家达46位，其中，常驻专家32位；正高级职称30位，占65.22％；博士27位，占58.70％；博导、硕导22位，占47.83％。科研教育与学科建设取得有效突破。医院目前是上海市唯一卫生部指定肿瘤规范化诊疗试点医院；成立了上海市崇明新华癌痛转化研究所暨上海大学生命科学学院医药转换研究基地，癌痛转化研究实验室为市级实验室。获得国家级继续教育项目10项。2012年成为上海市全科医师规范化培训基地。

    上海市新一轮医改的一项重要惠民举措是建立区域医疗联合体。医院作为医疗联合体核心单位，与堡镇人民医院、庙镇人民医院建立联动服务机制，发挥优质医疗资源最大潜力，开通 “健康直通车”——“五个一”活动，即举办一次大型医疗义诊，上好一堂健康科普讲座，进行一次社区医生业务指导，组织一场服务对象意见征询会，开展一次院前急救演示，送医到乡镇，广受群众欢迎。同时，医院作为区域龙头单位，充分发挥“领头羊”作用，对基层医疗单位提供技术支撑和培训指导任务。医院还邀请上海各大医院资深管理专家授课，加强干部培训，开阔视野，不断提升管理能力。

    医院拥有门急诊医技楼、住院病房楼和科教综合楼等主体建筑。门诊服务流程合理，温馨便捷；病房设施齐全，管理规范。院内绿草如茵，四季鲜花斗艳，有玉兰苑、桂花苑、樱花林等园林景观和岛内唯一上海市优秀历史保护建筑—黄家花园。医院现有层流手术室共20间，其中百级2间，1.5T磁共振、64排CT 、直线加速器、“海扶刀”、DSA（数字减影血管造影机）、SPECT(单光子发射计算机断层成像术)，彩超、高压氧舱、全自动生化分析仪器等，确保了诊断和治疗的品质。

    近年来，医院采取 “走出去，请进来”方式，不断加强与外部的交流与合作，开阔眼界，打开思路，更新理念，定期举办岛内外、海内外大型学术讲座、业务交流、专题研讨会，各类交流活动蓬勃开展，不断为医院发展注入新的活力。同时，新华医院宁养院作为李嘉诚基金会支持的上海市首家宁养院，2010年8月把服务延伸至崇明岛，宁养人通过定期上门访视、门诊服务、电话咨询等方式，为岛上肿瘤患者服务，受到患者和家属的高度认可和一致好评，成为医院精神文明建设的一道亮丽风景，也为医院树立了良好社会形象。