妇产科位于病房楼的12楼，开放床位46张。拥有胎心监护仪、新生儿抢救辐射台、心电监护仪、多普勒胎儿监护仪、阴道镜检查仪、宫腔镜检查诊疗仪等先进设备，是阿旗孕产妇急救中心，担负着阿鲁科尔沁旗20多个乡、镇、苏木的农牧民及周边地区的孕妇保健、诊疗及危重孕产妇的急救工作。现已开展具有国内外先进水平的手术，如腹腔镜下子宫切除、附件切除、宫外孕手术、卵巢囊肿剥除术等手术，其优点是不开腹、损伤小、恢复快、住院时间短等优点，正逐步取代大部分传统手术。同时大力开展优育、全程监护分娩、无痛分娩等服务。