脑病、消渴病科是集临床、教学、科研为一体的中西医结合科室，其中脑病科是巴彦淖尔市中医医院首批临床重点专科，2013年消渴病科被巴彦淖尔市确立为市级中医重点专科，2015年被内蒙古自治区中医药管理局确立为省级中医特色优势重点专科建设单位之一。目前科室设床位40张，科室人员17人。主任医师2名，主治医师4名，住院医师1名。其中硕士2名，学士6名。科室秉承中西并重，充分发挥中医特色优势，擅长中西医结合治疗如中风(脑梗塞、脑出血、面神经麻痹)、眩晕、头痛、多发性周围神经病、多发性硬化、癫痫、脑炎、失眠、郁证等脑病类疾病;糖尿病、糖尿病酮症酸中毒、糖尿病肾病、糖尿病神经病变、糖尿病足、糖尿病脑血管病变、糖尿病郁证等糖尿病相关疾病;甲状腺相关疾病;中西医结合治疗其他内科常见病、多发病以及各种危急重症的抢救治疗。

科室配备糖尿病健康宣教室及中医综合治疗室：健康宣教室有专科护士进行糖尿病饮食、运动、口服降糖药物及皮下注射胰岛素等知识讲解，进行个体化指导，确保患者掌握并且配合实施。通过对糖尿病患者实行长期随访、定期复查、生活起居以及饮食调养等方式，对其胰岛功能及并发症进行评估。中医综合治疗室目前开展中药足浴、中药封包、针刺、拔罐、穴位按摩、穴位贴敷、艾灸、耳穴压丸等治疗项目，可有效促进卒中患者患侧的康复，缓解糖尿病慢性并发症患者的症状。