启东市中医院创建于1977年6月，1991年1月迁址新建于现在的紫薇中路。于1997年被评为二级甲等中医医院，2015年2月取得三级乙等中医医院称号，经过四十年的努力，医院规模与声誉日益扩大，现已成为一所具有中西医结合特色的,集医疗、教育、科研为一体的三级乙等中医医院、国家级爱婴医院、南京中医药大学教学医院、上海第十人民医院启东分院、启东市华侨诊疗中心。

医院占地面积19018.9平方米，建筑面积42222平方米，业务用房41222平方米。拥有16层高、建筑面积为22000平方米的综合病房大楼以及10层13560平方米的门诊楼等现代化诊疗环境。

医院核编床位数500张，现有职工656人，其中高级职称85人，中级职称158人，全日制硕士研究生40人。现有江苏省突出贡献中青年专家1人、省“333工程”培养对象1人、南通市科技专业技术拔尖人才2人、南通市新世纪科学技术带头人培养对象3人、南通市名中医5人、启东市名中医4人、启东市拔尖人才3名、启东市“312”工程对象1名。

医院设有临床科室18个，医技科室8个，其中江苏省中医重点专科建设单位1个（耳鼻咽喉科）、南通市中医重点专科3个（耳鼻咽喉科、外科、骨伤科）；南通市中医重点建设专科3个（妇科、康复科、心病科）。

医院拥有东芝64排128层CT机、西门子1.5TAVanto18通道核磁共振仪、西门子双板DR机、进口彩超4台、进口全自动生化仪2台、血气分析仪、CCU中央监护系统、多功能血透仪20台、体外冲击波碎石机、多人高压氧舱、全自动呼吸机、进口高清腹腔镜、膝关节镜、电切镜、电子胃肠镜、支气管镜等等大中型医疗设备。病房楼装有中央空调、中心供氧、中心吸引、冷热水系统、信息管理系统，医院全面实行信息化管理。根据名老中医药专家提供的临床验方，医院制剂室常年生产9个品种的特色制剂，深受广大患者的欢迎。

医院先后获得江苏省最佳满意综合性医院、江苏省医疗卫生标兵示范医院、江苏省中医药宣传工作先进单位、南通市文明单位、南通市廉政文化建设示范点、南通市先进基层党组织、南通市首批无红包医院、启东市党建工作示范点、启东市文明单位、启东市价格诚信单位、启东市五星级医院等等称号，成为南通市首批事业单位法人治理结构建设试点单位。