绍兴二院肛肠外科是绍兴市最早成立的肛肠专科之一，对治疗肛肠复杂疑难病例有着丰富的经验，在绍兴地区有较好的声誉。该科开展低位及超低位直肠癌保肛手术，腹腔镜（或手助腹腔镜）结直肠肿瘤根治术，无痛结肠镜检查及早期结直肠肿瘤的内镜下治疗（EMR、ESD），结直肠息肉和息肉病的诊治，严重混合痔的微创手术（PPH、超声刀混合痔切除术）、肛裂、复杂性肛瘘、肛周脓肿、肛门失禁、直肠脱垂及顽固性便秘等的外科综合治疗。在绍兴市最早成功开展全大肠切除回肠贮袋肛管吻合术治疗顽固性溃疡性结肠炎及家族性息肉病、最早开展大肠次全切除治疗慢运行结肠无力症的肛肠专科之一。